风险总是与风险主体相对的，在抵押贷款过程中不同风险主体所面临的主要风险也有所不同，农村土地经营权抵押贷款的风险主体主要包括政府、金融机构和土地经营者，因此，本文从政府、金融机构和土地经营者三个主体层面分析土地经营权抵押过程中面临的风险。
1.政府面临的抵押风险及形成原因
虽然目前《土地承包法》以及相关的规范条例都肯定了土地经营权抵押的法律地位，但《物权法》、《担保法》等法律条规中禁止土地经营权抵押贷款的规定仍然存在，并且在这些法律条规中土地承包权与经营权被笼统的称之为承包经营权，没有对承包权与经营权的权能范围和权利内容进行合理明确的界定，当发生特殊操作行为时，以何种法律作为评判的标准仍是一个需要重点考虑的问题，这就面临着一定的法律风险和政策风险。土地经营权抵押的实践中，仍然是以地方性的政策为导向，未形成统一的抵押程序、模式以及抵押物处置机制，使得土地经营权抵押区域差异性明显。而且，融资贷款会涉及到不对产登记、财政、司法等各部门，各部门间利益不同，考虑视角不同，部门间存在因沟通不畅导致合作不顺利的情况，这些协调风险和意识风险会影响抵押工作的前期准备。
土地确权登记是实施抵押贷款的基础，在党的十九大中指出，第二轮土地承包到期后再延长三十年，但部分农村土地承包者已经城市化，对土地确权登记意识薄弱，而且由于土地权属登记中涉及的问题多，土地零散难以确权、协调难度大等问题，造成土地权属未能完成登记。权属清晰是实现抵押的前提，这也使得金融机构怕陷入土地纠纷而不愿开展此项业务。
放活土地经营权，实现土地经营权的抵押融资是一项新兴的金融业务，由于本身抵押风险不确定性因素大等原因，无论是政府行政人员、金融机构从业人员还是土地经营者都会对它有潜意识的排斥或者持观望态度。在农地经营权贷款期间，在做担保时工作人员可能因为不熟悉程序规章而出现违规操作，一旦土地经营者与金融机构、土地经营者与政府或者土地经营者之间出现土地纠纷情况，政府就会陷入纠纷调解之中。最后若当贷款期限将至，土地经营者因无力偿还贷款而引起的生计风险进而可能会演变成社会性风险的发生，加之地方政府财务能力有限，风险缓释基金存量不足，一旦发生较大规模的抵押风险就将会面临风险补偿金不足，无法完成还款。担保机制缺失、流转市场发育缓慢，农村社会保障体系不健全，土地经营者一旦失地，政府将面临民生风险的考验。
2、金融机构面临的抵押风险及形成原因
金融机构在土地经营者办理抵押贷款前首先要对贷款人进行资产审查及其信用调查，但由于农村信用信息系统缺失、土地经营者信用意识淡薄、民间借贷难以查询，便存在瞒报、谎报的情况，这就会导致工作人员在审核中出现偏差，存在审核风险、信用风险、操作风险和实施风险等风险。许多试点区没有专门的土地经营权评估机构、人员，政府部门也没有制定评估土地经营权价值的相应标准和操作流程、土地在经营期间产出价值的不确定性、农村无基准地价作为参照物等原因导致土地经营权的价值难以评定，就存在着土地经营权价值评估风险。金融机构难以明确贷款的额度，若贷给土地经营者的资金高于土地经营权价值，那么金融机构就会面临损失。
此外，一方面，金融机构对于土地经营权抵押贷款这类新兴金融业务也处于探索阶段，因此制定的相关贷款实际操作流程、抵押物管理办法也有待完善。另一方面金融机构从工作人员由于对新兴业务的操作流程、业务办理上缺乏熟练性与专业性而容易出现操作失误。其次，金融机构对贷款后的资金用途也不能进行有效监管，万一出现资金“跑路”情况，金融机构也难以追回债款。最后，如果土地经营者在约定期限不能及时偿还贷款的话，金融机构就会面临信用风险。信用风险发生后金融机构就有权收回抵押人的土地经营权并对其进行处置，获得赔偿，而金融机构应该按照什么样的流程操作、怎样进行处置或由哪个部门进行处置日前法律规范也没有明确规定，金融机构若在收回土地经营权进行处置时无意违反法律规定则会被强制收回土地经营权，因此，在土地经营权抵押过程中，金融机构也面临着较大的风险。