（一）1.科学课程的价值被贬低、窄化
科学课程的价值不仅仅在于它的教育价值，更重要的是对学生的目前和以后的发展价值，如果教师意识不到这一点，科学课程的实施效果会大打折扣。在对科学课程价值的理解的问卷调查中，仅有27%的教师认为科学课程的价值是为培养学生的科学素养，高达多半数的教师认为科学课程重在传递科学知识，培养科学家，6%的教师认为是提高学生的动手和实践能力。可见科学教师对课程价值的认识存在误解。当问到学生“你觉得学习科学课程最重要的目的是什么 ”这一问题时有17%的学生认识到学习科学课最重要的在于提升自己的科学素养；有55%的学生认为学习的目的就是获取科学知识；有9%的学生回答没想法。这说明小学生对课程价值的理解多样化，但可以大部分的学生和教师认为学习科学的目是获得知识，很少看到科学课程对师生获得知识外的价值，这是令人堪忧的现象。在科学课课时数的调查中，仅有20%的学生反映学校科学课程的课时安排是每周2课时，其余80%学生反映学校科学课课时数为每周一课时，明显少于课程计划规定的课时数。在仅有的课时安排中,科学课是否存在被占用的现象，调查发现只有30%的学生反映科学课从来不存在被占用或很少被占用的情况，有的科学课只是去实验室参观，学生看着教师演示，自己却没有动手的机会。上述的现象在农村的学校更为明显，科学课形同虚设，实施不到位。
（二）教师专业能力和教学知识欠缺，培训内容和方式形式化严重
教师教学能力强的基础是有扎实的专业知识，此外还应该具有丰富的教育学和心理学知识，两者具备才有可能教好学生。在所调查的学校，任教科学课的教师中具备科学教育专业背景的教师空无一人，音体美专业的高达半数，可见科学师资队伍中缺乏理科背景的教师。66.67%的科学教师只参加过一次课程培训，参加培训在三次及以上的科学教师不到10%，甚至还有20%的教师从来没有参加过培训。通过访谈参与过培训的教师，一半的教师表示科学课程培训的内容过于理论化，不切实际，43.62%的教师表示培训后对自己的发展没多大帮助，6.63%的教师表示培训效果较理想。
（三） 科学课程资源的配备基本完整，但使用率低
通过对调查学校实验室配置情况的调查，发现调查的学校基本配备有科学实验室，但使用情况不理想。调查发现有两所学校，只配备有一间科学实验室供全校学生上科学课使用；部分学校招生数量不断增加，实验室却不增设，明显供不应求。大多数科学教师反映学校的教学实验室只是摆设，对学生的学习帮助并不大。实验仪器的配置情况是保障实验教学顺利开展的前提，但仅有9.20%的学生反映实验仪器可以自由使用。
（四）三维目标难以实现，课堂内容和教学方式缺乏创新，实验教学效率低
根据调查，科学教师的教学往往会让学生掌握基本的实验知识和科学常识，而忽略了科学探究和情感态度与价值观的目标。在与教师的访谈中，科学教师纷纷表示三维目标中最好实施的是科学知识目标，科学探究和情感态度的目标很难实现。科学课作为一门实践性、探究性较强的学科，应该给学生提供动手操作，用脑思考的机会，但在实际课堂教学中，仍然是教师讲授，学生被动接受的现象，科学课的价值没有体现出来。在教师问卷“您认为自己在实际教学中，是否让学生采取合作探究的学习方式”的调查中，完全做到的教师仅占到20%，科学课的主要教学方法依然是讲授法为主。
（五）课程成绩评价随意，评价主体单一
在对学生科学课学习情况的评价方式的调查中，教师评价依旧是主导。任何一门课程的评价都应把量性评价和质性评价结合起来，科学课程也不例外，应该结合学生平时的实践操作表现。但目前评价学生具体表现的行为有哪些，操作性标准是什么；试卷和质性描述评价占比多少是科学合理的，这些问题都值得商议。在了解对学生成绩进行评价的主体时，在“对于你的科学学习结果，参与评价的人员有哪些”的调查中，可以很明显的得出，主要还是教师和学生，评价主体的人员单一，容易造成评价的客观性缺失。