农村留守儿童教育问题的成因复杂多样，既有学校与家庭因素，也有社会因素，亦有农村留守儿童自身因素。

1.父母与子女分离导致家庭教育缺位

大部分农村留守儿童的父母外出务工是为了改善家庭经济条件，为子女创造更好的生活条件，但是由于自身的生存现状以及制度性等因素导致绝大多数家庭不能全家搬迁或者将孩子安排在城里读书，形成事实上的家庭分离。而家庭是儿童成长和发展的第一环境，父母的教育和关爱对于儿童的身心成长具有重大意义，由此，父母与子女产生心理隔阂，儿童的心理归属逐渐减弱，人格成长遇到障碍。另一方面，加之大部分农村留守儿童的父母以及家中的监护人文化素质和教育能力较低，监护能力不足，教育方式不当，重养轻教，也不能积极的配合学校对孩子的教育，更使得农村留守儿童得不到知识上的解答、精神上的支持和心灵上的慰藉。

2.学校教育设置与儿童发展不相适应

由于农村留守儿童家庭教育的缺位，留守儿童的身心健康发展更需要学校基于更多的关怀和疏导，需要通过教师的温暖弥补留守儿童亲子关系的缺失以及消除其人格发展中存在的障碍。但是由于办学条件、教育理念、师资队伍的不足，学校缺少有计划地面向农村留守儿童的生存教育、心理教育、安全教育和法制教育，也尚未形成具体的、有针对性的农村留守儿童的措施和机制。而且一旦农村留守儿童的学业成绩下滑，学校老师对他们的关怀和期望也会随之降低，而教师的态度和期望反之又会深刻影响学生对自己的认知，最终影响学生的学习行为，由此以来，使留守儿童自暴自弃、丧失学习信心。

3.社会对留守儿童问题缺少实质性关注

这里所提到的社会是指农村留守儿童所在的基层政府、社区以及社会组织和专业团体。整体来看，对于农村留守儿童的关注和关爱主要局限于呼吁对农村留守儿童教育问题的重视，提出对策建议，缺少真正的解决实际问题的举措。由于农村社区集体经济的薄弱，缓解留守儿童的基础性生活问题就力不从心，更不用提及教育文化氛围的营造。此外，具有利益驱动性的“打工文化”在一定程度上消解了“守望相助”的农村文化，为其打上了“资本交换”的印记，导致对淳朴的社区人际关系造成了严重的冲击，减少了社会资本对农村留守儿童的支持。社会组织方面，社会组织存在着参与形式化的问题，工作精准度较弱，使得送文具用品和服装成为参与留守儿童教育治理的“固定动作”，同时，为农村留守儿童提供服务的监管和评估也较为缺乏。