（1）科研经费管理办法落后

为落实改革政策，各高校需结合自身实际制定新的科研经费管理办法，但目前仍有部分高校还在观望，生怕“一放就乱、一管就死”，不敢下放权力，还在沿用以前的科研经费管理办法；有些出台了新的管理办法，但由于科研管理部门对政策的解读不到位，没有真正理顺“放”和“管”的关系，制定的管理办法要么过于灵活，不能真正做到科研经费的科学管理，要么过于保守，不能从根本上改变科研人员的困境，提高科研人员的积极性。改革政策没有真正的落到实处。

（2）科研预算编制不合理

改革后科研人员可以根据科研活动的实际需要编制预算并安排使用，不受比例限制，预算调剂审批也更加简化，使得科研预算更加灵活。一些科研人员把重点放在了“放”和“服”上，科研预算编制随意，脱离实际的情况时有发生，预算编制缺乏合理性。另外科研预算的分类明细和财务系统中的分类明细不完全一致，使得科研人员在预算编制过程中困难重重，加之科研人员缺乏预算编制方面的相关财务知识和编制经验，很多时候不能充分考虑到项目的实际需求和特点，导致预算编制缺乏准确性。科研预算的编制需要对科研经费的使用情况和未来需求变化进行全面的考虑，这就需要对预算指标进行科学的分析和预测，而部分高校缺乏这样专业的部门和人员，预算编制还停留在增量预算阶段，科研预算编制科学性有待提高。

（3）监督考核机制不完善

目前部分高校对科研项目的监督工作不重视，没有专门针对科研经费管理的内控制度，审计监督流于形式。监督机制的缺失使得部分科研人员违反规定套取科研经费，大大降低了科研经费的使用效率，给高校整体利益造成损害的同时，还给高校带来了巨大的财务风险。例如部分科研人员随意改变科研经费使用用途，甚至将科研经费用于私人消费，找票报销，套取科研经费，特别是在差旅费和会议费报销以及仪器设备购置方面存在虚假报销的现象，科研腐败时有发生，严重损害高校利益；各二级单位对科研经费报销的审核签字也是走过场，重形式而轻实质；财务工作人员在审核单据时也只能审核票据的真实性，很难对事实的真实性和相关性做出判断。绩效考核方面没有一套完整的绩效评价体系，重数量而轻质量，“一刀切”现象严重，往往以科研经费的多少来衡量科研成果的大小，并以此来确定科研奖励的大小，缺乏用于评价科研成果的定性指标，例如缺乏用于评价科研经费使用情况和使用效益、科研成果的前瞻性和创新性、科研项目的差异性等的指标。

（4）信息化程度有待提高

在信息化时代的今天，大部分高校都拥有自己的科研管理系统、财务系统、资产系统、政采系统等，但上述系统都隶属于不同的部门，都在为各自部门服务，各系统数据都是相互独立的，仿佛一座座信息孤岛，没有实现数据共享，各系统之间没有实现数据对接，科研人员获取信息需在不同的系统之间来回切换，费时费力；管理部门也不能从整体上对科研经费进行全面监督，不能及时发现科研经费使用过程中的问题，造成科研资源的浪费。