在1997年重庆被划为直辖市后，县级川剧团都纷纷解散且川剧演员大批流失，只剩下重庆市川剧院与重庆市三峡川剧团等为数不多的几个国营川剧团，也有一些川剧演员开始自发组织成立川剧团，比如2001年成立的永川区川剧团等。21世纪后，重庆川剧主要在重庆市川剧院的带领下迈入新的时期，继续保持着创新精神。

创新与交流

重庆川剧在重庆戏剧界具有领军作用，先后有沈铁梅，马文锦，黄荣华，谭继琼，吴熙等获得梅花奖，沈铁梅更是3度梅花奖获得者，川剧金子斩获多个国家级大奖。1997年，重庆川剧院的川剧现代戏《金子》由沈铁梅演绎并大获成功，之后又推出了老戏新探的新编历史故事剧《李亚仙》，将德国戏剧中国化的新编戏《灰阑记》，都是一反传统川剧表演形式的创新之作。并且重庆川剧院还将一些优秀的川剧作品带到了国外的舞台，2004年《凤仪亭》在荷兰上演，2009年川剧交响乐《衲袄青红》于比利时上演，让川剧以与西方音乐融合的方式走上国际的舞台。重庆市三峡川剧团分别于2009年和2014年排演的川剧现代戏《鸣凤》和《白露为霜》也都是21世纪之后中重庆川剧创新之作中的代表。

保护与研究

在2001年与2003年，川剧先后两次作为联合国非物质文化遗产代表作申报的备选项目。2006年我国正式启动国家非物质文化遗产保护工作之后，川剧经国务院批准被列入第一批国家级非物质文化遗产名录。2011年，四川与重庆的川剧团与研究机构联名申请将川剧作为中国非物质文化遗产的代表项目报送于联合国教科文组织。⑯ 21世纪以来，在重庆举办的关于川剧的研讨和推广活动也越来越多，例如2014年的“谈艺赏戏”系列讲座、2018年重庆市川剧院主办的“新时代的川剧艺术发展座谈会”，举办“川剧《金子》经典保留剧目青年表演人才培养传承班”等。