行政管理在教育管理中发挥支架作用，能保证教育管理工作有条不紊地进行。江西共大在坚持“半工半读”的办学方针的基础上进行创新，建立了一套明显区别于全日制院校的行政管理体系。

第一，实行统一领导、分级管理的行政管理体制。成立之时，江西共大的行政管理体制明确规定为“江西共大总校由省委、省人委直接领导，各分校则委托区党委、地委和专（行）署领导”。在之后的具体办学实践中，又逐渐形成了省、地（专）、县分级管理的领导体制。具体如下：江西共大实行严格的党委统一领导制，总校及其各分校接受省委、省人委的统一领导，有关学校的大政方针等重大问题都由省委、省人委会议解决。总校及其各分校在坚持党委统一领导的基础上实行分级管理，即总校和蚕桑场分校由省委、省人委直接领导，省属分校则由所在地的地委、专署或垦殖场领导，专属分校由地委、专署领导，县属分校由县委、县人委领导。江西共大这种行政管理体制要求各级党委在接受省委、省人委的统一指示的基础上，对管辖内的分校进行全面直接的领导，主要涉及所管辖分校的发展规划、政治工作、生产自给、经费开支、教学工作及行政管理等方面。如鄣公山分校，1969年划归为县属分校，仍受省委、省人委的统一领导，但其具体工作事务由婺源县党委、婺源县人民委员会管理。江西共大这种统一领导，分级管理的行政管理体制，有利于加强党对学校的领导，协调总校与分校之间，分校与分校之间的发展，提高行政管理效率，从而为最终化解学校教育与劳动生产之间的矛盾提供行政支持。
第二，实行系场（厂）合一的基层管理。系场（厂）合一中的“系”是指设置科系专业，系场（厂）合一中“场（厂）”是指兴建林场、农场、牧场和工厂等生产基地，“系场（厂）合一”就是要求系科专业的设置和生产基地的建设保持一致，即有什么生产基地，就设置什么系科专业，有什么系科专业，就建立配套的生产基地。这样一来，场（厂）既是生产基地，又是教学基地，老师既是教学者，又是生产者，学生既是学习者，又是生产者，教师边做边教，学生边做边学，促进了教学与劳动生产的密切结合，一定程度上缓解了教学与劳动生产之间的矛盾。而后，江西共大逐渐把系场（厂）合一延伸细化到到组、队、班合一，组是教研组，队是生产队，班是班级。组、队、班合一就是要求把教研组、对口的生产队和所属专业的班级联合起来，直接承包教学任务和生产任务。在组、队、班合一的过程中，教师、学生、工人和农民共同制定生产、教学和科研计划，互相学习，一起劳动。教师既承担教学的责任，也承担生产和科研的任务，学生既尽学习本分，又参与生产和科研，工人和农民既管理生产，也指导生产。这样一来，组、队、班合一就打破了教师、学生、工人和农民之间身份的壁垒，加强了教师、学生、工人和农民之间的密切协作，把教学计划和生产计划统一起来，进一步解决了教学与劳动生产之间的矛盾。如农学系作物教研组、芭茅岭生产队，农作64-1班合一后，1965年承包种植水稻、黄麻、棉花等生产任务，同时设置植物学、无机及分析化学、土壤学等课程，还开展了6项科学研究，上课时间和劳动时间分别是190天和180天，各门课的教学均按质按量完成，各项作物都有不同幅度的增产，平均每人生产稻谷1054斤，皮棉36.37斤，创造价值142.7元，经费自给74%，效果超乎预期。