通过分析近年来新疆马产业的发展现状，可以看出新疆马产业体量虽然巨大，但仍存在较多的问题：

首先，虽然新疆马产业的规模在全国排名比较靠前，但马产业空间区域发展极不平衡，南北疆发展差异巨大，马产业流通性较弱。自然资源环境的特点严重限制了马产业的空间分布格局，养马业主要分布在山地草原，而沙漠绿洲分布较少。

其次，生产方式落后，我区马匹养殖主要以散养为主，而规模化、集约化、标准化养殖水平较低，缺乏结构合理、层次分明的马育种体系，这种方式既不利于马产品的综合开发利用，也给马匹品种的改良造成一定的困难，不利于马匹价值的提升，因此育马水平急需进一步加强。

再次，产业结构不够合理，新疆马匹品质整体不高，目前仍以马养殖及马产品初加工等一、二产业为主，而与马产业相关的体育赛马、现代马术、休闲娱乐、马文化等高附加值的产业尚处在起步阶段，马产业所涉及的一、二、三产业融合度不够，未能保持马产业相关的全产业链产值的较快增长。而国外马业发达国家不仅非常注重马业的育种体系建设，而且注重马产业中赛马、马文化等高附加值产业的发展，因此与国外马业发达国家相比还存在很大的差距。

最后，产业化经营水平较低，马产业的市场开拓不足。当前新疆现有的育马企业、马产品加工企业规模较小，赛马场、马术俱乐部影响力较弱，尚未形成大规模商业化运作及商品化生产的局面，缺乏马业展览、马匹电子商务交易平台及马文化传播的平台和窗口，马业的信息化服务建设滞后，因而导致马术俱乐部体育赛马、马产品加工、生物制品开发、饲料加工等与马产业相关的产业组织的发展相对滞后。