近年来，我国城乡融合发展取得了明显成效，但在实现经济、要素、空间、社会、生态等融合发展方面也面临一些短板与不足。
1.从经济融合看，存在农业现代化水平不高的短板
不平衡、不充分是城乡发展面临的长期性问题，其中尤以经济方面的差距最具代表性。2018年我国城镇居民人均可支配收入为农村的2.69倍。产业类型上，农村地区仍以种养业为主，处于与城市产业互动少、融合低、层次浅的初级阶段，跨区域、跨城乡互动发展的产业占比较少。农村地区产业发展不平衡不充分的问题依然突出，农产品加工率仅为45%左右；从地区来看，2017年四川农产品加工业产值与农业产值比仅为1.9:1，远低于江苏的2.7:1。农业基础上，我国高标准农田仅占耕地面积的23.8%，主要农作物耕播收综合机械化水平约67%，离农业发达国家水平相差还较大。生产经营上，全国近70%的耕地还处于传统的分散经营状态，适度规模经营的比重不高，农业科技贡献率只有57.5%。农业品牌上，在《2018中国农业产业化龙头企业500强排行榜》中，各地区之间位列榜单的数量也相差巨大，比如，四川有19家企业位列榜单，分别比山东少40家、比河南少10家。服务体系上，农村地区物流设施水平较低，农产品的储存、运输等瓶颈问题长期存在，得不到根本解决，水果、蔬菜、畜牧水产等涉农保险能力不足，加之运输环境的损坏率或腐坏率比较高，对农业经济发展形成了严重制约。
2.从要素融合看，存在城乡要素双向流动不畅的不足
由于要素价格扭曲和市场分割，人才、资金、土地等要素仍难以在城乡间充分双向的自由流动，农村市场经济发育程度远远落后于城市进程。例如，在劳动力流动上，由于城市对农村人力资源的虹吸效应，使得农村人口长期处于净流出的状态。2018年我国农村地区向城市净输送劳动力占农村总人口超过一半，由此形成了农村地区普遍存在的“三八”“六一”“九九”等人口现象，在家务农的人口中教育程度在初中及以下的占多数，农村劳动力素质整体呈现下降趋势。同时，城市人才、技术要素流入农村的路径还未完全打通，大学生、退伍军人等返乡下乡创业就业缺乏在医疗、社保、住房等方面的针对性扶持政策，农民职业化保障体系尚未完全建立，制约了人才、技术要素向农村流动。此外，城乡居民二元化的问题仍未消除，进城后的农民工与城市居民相比无法享受同等待遇，农民融入城市成本居高不下。在资金流通上，农村与城市的金融发展差距明显，多数农村地区金融发展水平低下，金融主体主要以农村信用社为主，金融活动主要是农民工的打工收入存取，或是建房、就医等贷款等。同时，随着人口的外流，“钱随人去”导致流出严重，县域存贷比不到50%。由于农业的弱质性特征，现有金融产品与农业产业链、价值链延伸的匹配度较差，城市资本进入农业农村领域的积极性仍然不高。2018年全国涉农贷款余额为32.7万亿元，仅占全部贷款的24%。在土地流转上，各类资源资产的产权主体模糊，农村集体产权制度的改革相对滞后，集体经营性资产闲置的现象普遍存在，农村产权流转交易平台机制不健全、运行不规范，农村承包地、宅基地、集体建设用地没有有效盘活。以对四川南江县调查反映情况为例，全县目前闲置的山坪塘70个、学校67个，闲置率分别为17%和20%；承包地撂荒比为10%。
3.从空间融合看，存在城乡建设双向对接不灵的弊端
目前，城乡空间布局仍以粗放型模式为主，大都缺乏科学精准的规划设计，城镇建设和新农村建设“两张皮”现象普遍。一是城乡规划缺乏统筹、各自为政的情况较为普遍。很多地方规划严重忽视城乡一体化，只片面注重县城及周边区域的规划发展，对镇（乡）村发展缺乏统筹考虑，造成了场镇建设混乱、村内建房无序等乱象。二是面临城镇化发展不足、半城镇化现象。2018年全国常住人口城镇化率接近60%，城镇发展由“极化”向“极化”与“扩散”并重方向发展。半城镇化问题比较突出，全国户籍人口城镇化率仅为43.4，%户籍城镇化率与人口城镇化率之间还存在较大的差距。三是农村生态环境问题急需治理。大部分农村地区环境卫生设施建设远远不够，例如，农村生活污水处理率仅为22%，部分贫困落后地区的厕所改造问题亟需解决，有的新建房屋仍未配套厕所，农民住上质量安全、功能分区合理的“好房子”尚需时日。