生态系统的整体性视阈阐释了系统构成的各要素之间存在性的联系，展示了要素之间固有的有机联系。政府和企业都是社会主义现代化建设的主体，已经构成了密切的有机联系。外迁型高校的加入，为迁入地注入了新的动能和活力要素，改变了地方经济社会发展的生态，具备与政府、企业建成区域经济社会发展的有机生态系统的基础和条件。生态系统的主体性视阈认为构成生态系统的各要素在尊重自然规律的前提下可以充分发挥自主性和主动性，实现合规律性和目的性的统一。政府、企业和高校都是区域经济社会建设的重要主体，均掌控和调节着经济社会发展所需要的资源和要素，三者可以在系统内发挥主体性作用，彰显各自优势，实现资源、要素之间的流动和聚合，为经济社会发展释放新的动能。政府作为制度、政策、平台的供给者，要牵头制定政校企合作的规划，完善相关组织、制度、政策的支撑，积极探索搭建科教园区、产业园、技术信息中介市场、技能培训基地等多种形式的合作平台，并建立绩效考核监督评价体系，为外迁型独立学院与地方企业合作创造良好的制度、政策和外部环境。企业要发挥校企合作的主体性和主导性作用，在技术研发、项目攻关、人才培养等方面寻求与高校深度合作，寻求两者最大公约数。企业可以利用政府提供的平台把技术需求信息有效地传递给高校，增强高校科研的针对性和时效性，加快高校科研成果向现实生产力的转化。外迁型独立学院可联合当地骨干企业成立校企合作委员会，发挥企业在学科专业设置、人才培养、实验实训基地建设等方面的信息、资源等优势，提高外迁型独立学院应用型人才供给与企业需求的匹配度。