1.乡村精英与其它治理主体间互动失灵
在“乡政村治”格局下，乡村治理的主体不是一元，而是多元的，至少包括三个方面：乡镇政府代表的基层政权、乡村精英（包括“村两委”为代表的体制内精英和体制外精英）、普通民众。乡村治理需要多元治理主体之间的良性互动，尤其是乡村精英与其它治理主体之间的良性互动，才能避免乡村治理的无序状态。从根本上说，无论是“乡政村治”还是后农业税时代的乡村治理，并没有解决乡镇权力对基层社会的控制问题，乡村精英与其它乡村治理主体互动失灵的情况屡见不鲜。
首先，体制内乡村精英与乡镇政府互动失灵。根据《中华人民共和国村民委员会组织法》第5条: “乡、民族乡、镇的人民政府对村民委员会的工作给予指导、支持和帮助，但是不得干预依法属于村民自治范围内的事项。村民委员会协助乡、民族乡、镇的人民政府开展工作。” 在应然层面，乡镇政府和村民委员会是一种平等的合作伙伴关系，是相互依赖的权力和利益主体，二者关系的核心是“指导”而不是“领导”；然而在实然层面，乡镇政府依然是不可替代的核心主体。受传统体制、思想观念、利益机制等方面的影响，乡镇政府把村委会当作自己下属的行政组织，把各项指标、任务分解、下放到村。“村两委”成为乡镇政府下派的准行政机构，被动执行乡镇政府行政命令，村两委为代表的体制内乡村精英与乡镇政府互动失灵。
其次，体制外乡村精英与乡镇政府互动无力。当前，体制外精英参与乡村治理的最直接途径仍然是经过村民民主选举成为村两委成员，将自身转化为体制内精英，从而获得乡村治理管理权限，否则体制外精英难以更为全面、深入的参与乡村治理。因而，体制外精英与乡镇政府的互动容易走向极端。要么积极向行政权力靠拢，把手中的经济资源当作实现精英身份转换的砝码和敲门砖，运用经济影响或者权钱交易，直接影响体制内精英乃至县乡领导，获取上级行政力量的支持，要么政治冷漠，不关心乡村社会治理，专心做自己领域的精英，要么用非制度化的方式参与乡村治理，挑战基层政权权威。
再次，普通村民在乡村自治中影响力有限。农业税取消后，乡村独立经济利益主体的地位日益彰显，尤其是城镇化的大背景下，乡村拥有的资源量越来越多，乡村治理主体对这些资源的争夺也日渐激烈。普通村民在经济上是利益的独立个体，在政治上是乡村治理权力的授予者和委托者，不再只是被动接受执行行政命令，但普通村民信息渠道匮乏、利益渠道狭窄、组织化水平低，在乡村事务中处于弱势。于是，普通村民往往主动或被动依附于乡村精英。部分乡村精英通过捐赠、贿选等方式获取村民的好感和选票，将普通村民变为自己手中的 “棋子”，造成乡村社会的混乱动荡，村民个体对乡村基层自治影响力实则有限。
2.乡村精英参与乡村治理的动力不足
乡村精英自身素质相对较高，具有一定资源和话语能力，是影响乡村治理水平的关键力量，很多村庄的“能人”治村有力证明了这一点。亚当·斯密认为：“人的本性是追求私利的，是以利己为原则的。” 乡村精英参与乡村治理也有内在的利益驱动力，主要来自物质和精神两个层面。精神层面，主要是来自于政府的认可、群众的支持，反哺乡里造福百姓受到拥戴的荣誉感，拥有权力的政治成就感等。物质层面主要来自个人的物质利益，必须正视乡村精英参自身的利益需求以及可能受到的利益损失。现有制度下，乡村精英帮助国家进行乡村社会治理，但却不属于国家机关工作人员，享受不到公务员的各项补贴和福利，待遇普遍偏低，却需要直接面对成长于斯的乡村民众。乡村精英要处理的事情繁多，物质保障与精神保障的不足导致乡村精英治理动力不足。