（一） 培养目标偏差
“培养什么样的人”决定了“如何培养人”，是人才培养的第一要义，框定了人才培养边界，指明了应用型高等院校的发展方向。随着社会对高等人才的需求逐渐扩大、细化，高校应该在办学过程的始终铭记自己的定位与目标，才能培养出符合社会需求的特定类型人才。然而实际情况是：某些民办高校在转型与发展的道路上，由于主观或客观的原因，方向出现了偏差。一些民办高校受“重学轻术”传统思想影响，将系统性的理论学习放在首要位置，轻视应用型技能。某些民办高校与公办重点大学人才培养目标大同小异，而毕业生既没有掌握系统的理论知识，又缺乏实际操作能力，以至于在激烈的市场竞争中难以找到自己的一席之地。还有些民办高校在扩大办学规模、增加在校生数量等方面兴趣浓厚，不注重保持和发扬办学特色和品牌优势，导致培养目标与创办之初发生偏差。
（二）专业设置与市场需求脱节
应用型高校的专业设置，应结合人才培养目标，除了开办传统基础的专业，还应以市场为导向，设立具有时代特色和符合市场发展需求的专业。纵观省内外应用型民办高校，专业设置大致有以下几个问题：1.忽略了应用型民办高校的定位，一味模仿学科型院校，导致专业失去特色和优势，无法面向市场、紧跟地方区域经济的发展。2.墨守成规，忽略甚至否认新时代对于新兴专业的需求，未意识到与时俱进的重要性，开设了大量趋于饱和状态的文科性稳定专业，如教育、英语、文学、法学等。3.对自身办学特色、办学层次和办学任务等考虑不周，没有着手为各专业人才培养量身定制教学计划，导致所开设的热门专业缺乏足够的可操作性、实用性。
（三）学生实践能力不足
实践能力是应用型人才的标配之一，这一技能的缺乏将直接导致应用型民办高校的毕业生失去优势与特色。实践能力的获得是基于学生在校期间坚持不断的实践训练。然而，在课时设置方面，某些高校没有合理分配理论课与实践课的课时, 导致理论课过多, 压缩占用了实践课。在实验实训条件方面，校内实训室往往未受到足够重视，成为一种摆设。设备缺乏或老化，教学仪器陈旧，无法满足日新月异的科技知识对实验设备的基本要求。校外实训基地大多远离校园，因此集中实训较为常见。这将导致理论课与实践课分阶段进行，无法同步，理论指导实践则无从谈起。在教学能力方面，大多教师出身于公办重点大学，早已习惯重学术、轻实践的教学方式，因此一走上工作岗位，也将沿袭此方式教授学生。
(四) “双师型”教师缺乏
教师队伍建设是长期困扰民办高校成长发展的一大难题。各个学校都存在教师数量不足、结构不合理、“双师型”教师缺乏等问题。在应用型高校中，普遍存在年轻教师占比较大的现象，他们多为公办院校毕业的硕士或博士应届毕业生，没有参与过基层生产服务、一线建设，也没有管理工作的实际经历，重理论、轻实践，因此无法指导学生的实践教学。这和高职高专院校的师资形成鲜明对比。高职院校重技能、轻素质，教师具备丰富的从业经验、熟练的行业技能。应用型民办高校若能在聘请高职院校的老师进行实践指导的同时，培养本校的“双师型”人才，将极大地提高应用型人才培养的能力。