中国高校考古学教育的经典体系是开设以时间为线索的所谓“六大段式”的中国考古学必修课程，即旧石器时代考古、新石器时代考古、夏商周考古、战国秦汉考古、隋唐考古和宋元明考古的纵向课程，在对各个时期考古学面貌有基础的前提下，再推进分区域、分器类和分特殊专题的研究。这种课程体系固然有其局限，但其背后存在的时间逻辑与教学理念，是基于将考古学作为一门以时间逻辑为基础的历史科学，来研究具备内在连续性的人类文明。
而台湾的考古学课程设置则因其人类学的学科属性，从社会科学的视角出发，让学生从不同视角来认识人类社会的复杂性，并不以时间脉络作为考古学教学的内在逻辑，而是以各种专题作为开课主轴，呈现出较为松散开放的布局，故开设的课程多以理论方向而非时间段作为划分依据，例如 “性别与女性主义考古学”、“地景考古人类学”、“社会考古学”、“行为考古学”、“家户考古学”等。而若要讨论起时间阶段划分的专题教学，重头戏素来都是史前考古学，以台大为例，课程中既包括了完整介绍台湾史前发展的文化序列的“台湾考古”课程，也包括讲授大陆地区的旧石器时代到殷墟的“中国考古”，乃至于放眼世界的史前文明的“世界史前史”课程。而进入历史时期的考古，无论是台湾本土、大陆地区亦或是世界范围内，相关课程则相对单薄。
如今，文献史学与其他人文学科罕有和考古学进行跨界，而与史前考古这一重点教学内容相配套的，是重视科学技术的手段。以台大为例，考古学专业开设的课程中包括“GIS分析”和“文化遗产与材料分析”等等，也积极与台大地质系与地理环境资源系教师合作开设了“地质考古学”、“人文地理信息科学”和“环境史”课程，更与牛津大学、台大理学院、医学院共组研究团队试图发展考古学生化分析的研究议题。
上文述及，在台大建立之初，与历史结合的中国青铜时代的相关研究是考古学课程中的重要组成部分，台大人类系也曾聘用在中文系、历史系有教职的董作宾来开课，但在他1955年赴港任教后，古文字学几乎就淡出了台大人类系的训练体系之中。随着殷墟学者的退休，和前述考古学范式的转移，就目前的情况来看，器物研究除陶器、石器之外，多是由与艺术史相关系所开设，如2018-2019学年秋季学期，台大开设“商周青铜器研究基础”、“宋代陶瓷研究”课程的单位是艺术史研究所，而2019-2020学年秋季学期，“商文明及其周边”和敦煌学研究的课程由与文献史学相关系所开设，古文字、出土文献的研究学者更是无一涉足考古学教育，多设置于中文系内。虽然台湾学者也逐渐意识到历史时期考古也应当受到足够的重视，但在学科训练中考古学偏离其人文底色，而具备较浓厚的自然科学色彩，仍是短期难以改变的。