（一）案例引入
1、案情概要
中国生物多样性保护与绿色发展基金会、秦皇岛方圆包装玻璃有限公司环境污染责任纠纷案。一审法院判决，方圆公司因非法排放大气污染物给环境造成损害，应依据鉴定报告确定的损害数额154.96万元予以赔偿。上述费用方圆公司应付至秦皇岛市专项资金账户，用于秦皇岛地区环境污染治理修复工作。
二审中，中国绿发会上诉请求中认为，判决将“损失”部分“付至秦皇岛市专项资金账户”，没有法律依据。上诉人既不知道这个账户是否存在，也不知道这个账户资金的使用规则，也没有判决上诉人对该专项资金管理使用的监督权。二审法院认为，一审法院参照《生态环境损害赔偿制度改革方案》，并结合本地区实际情况，将环境损害赔偿金直接付到秦皇岛市专项资金账户，用于当地环境修复并无不当。上诉人中国绿发会该项上诉请求，本院不予支持。
2、案件争议焦点
环境损害赔偿费用付至“秦皇岛市专项资金账户”并用于“秦皇岛地区环境修”是否具有法律依据的问题。
3、法院判决
关于一审判决将环境损害赔偿费用付至“秦皇岛市专项资金账户”并用于“秦皇岛地区环境修复”是否具有法律依据的问题。二审法院认为，因环境公益诉讼是一项新的诉讼制度，制度构建尚在不断完善过程中。关于环境损害赔偿金如何管理及使用，最高人民法院中指出“落实全面赔偿规定，探索设立公益诉讼专项基金，设立适合本地区环境公益诉讼发展的资金运作模式，由造成环境损害后果的被告承担损害赔偿金”。中央办公厅、国务院办公厅印发《还生态环境损害赔偿制度改革方案》，规定了环境损害赔偿金作为政府非税收入，全额上缴同级国库。一审法院参照上述规定并结合本地区实际情况，将环境损害赔偿金付至秦皇岛市专项资金账户，用于当地环境修复并无不当。上诉人中国绿发会该项上诉请求，本院不予支持。
从这个案例中，可以看出，原告如果针对专门账户一无所知，也不知道这个账户资金的使用规则，而且也没有该专项资金管理使用的监督权，那么这就会导致原告不满意判决结果从而针对环境民事公益诉讼中损害赔偿金的管理提出上诉请求。实践中出现了不同的做法，不同的管理模式会带来不同的结果。法院针对赔偿金的管理没有作出统一的判决，是因为法律对于赔偿金的管理并未做统一的规定。相关司法解释曾对环境民事公益诉讼损害赔偿金如何管理以及适用做了具体规定，但是考虑到地方可能对赔偿金的管理有不同的规定，且财政体制也会面临困难，所以最终只做了原则性的规定，并未做统一的规定。其实，这也承认各地的不同的做法，在保证赔偿金的专有用途之外，灵活判定赔偿金的管理主体。
（二）司法实践中赔偿金管理模式
1、专项资金管理账户
在北京市朝阳区自然之友环境研究所与中国石油天然气股份有限公司吉林石化分公司、支持起诉单位中国政法大学环境资源法研究和服务中心大气污染责任纠纷中，原告认为，被告长期向大气超标排放污染物，多次受到行政处罚且未整改合规，危及大气环境，损害了社会公共利益，违反了相关的法律法规。被告应当及时采取有效措施，防止污染和危害，及时改正违法排污行为，主动履行环境保护义务，落实遵守相关法律规定的企业责任，承担因环境侵权造成的法律责任。本案争议焦点为关于大气污染治理费用的使用和管理问题。大气污染治理费用的管理和使用，始终是社会普遍关注的问题，如何使大气污染治理费用发挥保护环境、修复遭到破坏的环境起到真正作用，也是审判机关关注的环境民事公益诉讼发展的实践难题。法院根据当地财政厅、环境保护厅、高级人民法院、人民检察院联合印发了《关于吉林省生态环境损害赔偿资金管理暂行办法》，认为本案污染治理费用资金将存入吉林省生态环境损害赔偿资金管理账户，用于吉林省环境保护和治理。
2、上缴国库
在阜阳义杰商贸有限公司、张栋杰环境污染责任纠纷案中，原告认为，被告在生产过程中，违法通过渗井向地下排放含有乙醛肟、甲硫醇钠等化学成分的废水，造成潘寨甲鱼场养殖的鱼类死亡，也严重污染周围的土壤以及地下水。原告请求判令五被告承担本起环境污染造成的生态损害36.138万元。法院判决，被告于本判决生效之日起十日内共同赔偿生态环境受到损害造成的损失361380元（该款项上缴国库，用于修复损害的生态环境）。由于当地并没有设置专门资金账户或者专门的基金会，甚至当地并没有关于环境损害赔偿金管理的条例或者办法，所有法院判决将赔偿费用交付至法院执行款专用存款账户或者直接上交国库。
3、法院执行款专用存款账户
在衢州瑞力杰化工有限公司环境污染责任纠中，浙江省开化县人民检察院认为衢州瑞力杰化工有限公司违反相关法律规定，擅自将生产过程中产生的上百吨工业固废填埋在山坳中，对周边的土壤、地表水等生态环境造成严重污染。由于堆放的时间较久，填埋场地及其周边土壤、水体仍受到污染，社会公共利益仍处于受侵害状态。法院判决，生态环境修复费用以及生态功能损失费由被告将费用交付至开化县人民法院执行款专用存款账户。因为当地没有专门的环境资金账户，所以法院让被告交付于法院执行账户。法院对于环境的修复缺乏专业性，这样的管理方式很难做到专款专用。
4、环境公益基金专用帐户
在江苏省常州市人民检察院诉许建惠、许玉仙民事公益诉讼案中，原告认为，被告许建惠、许玉仙实施了污染环境的行为，已经严重污染到环境，发生了严重的损害后果，损害了社会公共利益，根据相关法律的规定，许建惠、许玉仙应当承担环境污染损害修复赔偿责任。法院判决：被告许建惠、许玉仙赔偿对其它环境造成的损失150万元，该款于本判决发生法律效力之日起三十日内支付至常州市环境公益基金专用帐户。本案由常州市中级人民法院审理，因为当地设置有常州市环境公益基金专用帐户，所以法院判决费用交付于常州市环境公益基金专用帐户。这是近几年出现的新的管理方式，相较于其他的管理方式，这样的方式更具有灵活性。
从法院的判决中可以看出，关于环境民事公益诉讼的损害赔偿金如何管理问题，一般法院的做法是只要涉及需要承担环境损害赔偿责任的，法院都会在判决中写明被告需要承担的环境损害赔偿金的数额，但是具体支付到哪里，司法实践中却大相径庭。有的要求被告支付到某专项账户，有的要求被告支付到某公益基金账户，有的要求被告支付到财政专用账户，还有的未说明支付到哪里，只在判决书说明这笔资金会交付到国库，用于修复被损害的生态环境，有的法院只说“指定账户”或者干脆直接回避这一问题。