（一）环境民事公益诉讼损害赔偿金管理不统一
从以上分析看出，司法实践中法院的做法大相径庭。正如，第一个案件，中国生物多样性保护与绿色发展基金会上诉请求中认为，判决将“损失”部分“付至秦皇岛市专项资金账户”，没有法律依据。绿发会既不知道这个账户是否存在，也不知道这个账户资金的使用规则，也没有判决上诉人对该专项资金管理使用的监督权。正是由于，法律并未对赔偿金的归属以及适用作出统一的规定，所以环境公益组织对于将“损失”部分“付至秦皇岛市专项资金账户”产生不信任感。司法实践的不同模式可能对损害赔偿金的管理以及适用并不能做到专款专用。环保组织为了社会公共利益提起环境民事诉讼，就是为了让已经破坏的环境可以得到更好地修复以及公众的享有的环境公共利益。但是实践中的不同做法，并不能让环境公益组织彻底信服，会降低环境公益组织的提起环境民事公益诉讼的积极性。
（二）损害赔偿金的管理及使用缺乏灵活性
从上述案件中可以看出，有的直接交于国库，有的直接入当地财政。对于环境的修复需要大量的自资金以及资金的及时到位，如果将损害赔偿金直接交于国库，由当地财政控制，那么可能损害赔偿金很难做到专款专用。而且由于审批程序复杂，需要层层审核，可能会造成环境修复资金不能够时到位。
直接上交国库与进入法院执行款账户，可以认为是在“公权力主导下的资金管理模式。”不管是司法实践还是地方立法都体现出，大多环境民事公益诉讼的环境损害赔偿金的管理是由公权力主导的。因为环境民事公益诉讼代表着公共利益，由代表着人民利益的国家管理。国家负有环境保护义务，也担负着保护人民公共利益的职能。所以，实践中，多会选择由公权力主导的模式。但是，这样的管理模式是否能更有效率地管理和使用损害赔偿金？从实践中看，效率并不高。因为相关管理规定，资金的流动需要程序。但是，为了防止环境污染区域扩大，修复环境需要及时有效。这样的模式可能导致资金使用的效率低以及缺少社会监督。首先，当环境民事公益诉讼损害赔偿金进入当地财政之后会与其他资金发生混同，这就很难做到专款专用。而且，损害赔偿金是用于环境修复的，代表着社会公共利益，与其他资金的性质不一样，用途也不一样。其次，由政府管理的损害赔偿金使用时，会经过复杂的的审批程序，而且环境的修复需要及时性，这样的管理模式可能会导致资金不能够及时提供。最后，这样的管理模式缺少必要的监督。损害赔偿金如何使用以及运作机制，社会公众并不了解，而且环境的治理本身就是为了社会公共利益，所以社会的监督是必不可少的。
（三）缺乏社会公众参与
环境民事公益诉讼的实质就是为了社会公众的利益。环境污染关系到每个人的利益，损害结果危害着社会公共利益。无论是环保组织还是检察院都是代表着社会公众的利提起环境民事公益诉讼。那么理所当然，环境民事公益诉讼的损害赔偿金管理及使用就应该让社会公众积极的参与进来，从而更有效地维护社会公共利益。还可以建立信息公开机制，及时有效地公布损害赔偿金的的运作过程，方便社会监督，公众也可以针对此提供建议。目前，针对环境影响评价，生态环境部已经已经颁布了公众参与办法。可以看出国家对公众参与有关环境事项的支持，因此，损害赔偿金的管理以及使用也需要公众的支持。