协同育人以协同理论作为其理论基础，协同理论又称作“协同学”或“协和学”，由联邦德国斯图加特大学教授哈肯创立，是20世纪70年代以来在多学科研究基础上逐渐形成和发展起来的一门新兴学科。协同理论就是研究如何通过事物自身内部协同作用，来实现自发地在时间、空间和功能上的有序结构，是以研究不同事物之间的共同特征及其协同机理的新兴学科。在大量子系统组成的系统中，通过一定条件，使其子系统相互作用和协作，按照其共同规律实现一定的组织目标。协同育人就是在协同理论的基础上，通过融合系统内部的各个要素，发挥协同作用，从而实现育人目标。
高校思想政治教育正是基于协同理论，将教育过程融入到各个方面，不仅体现在教学过程上，而且还体现在大学生党建工作上，使高校思想政治教育与大学生党建工作紧密相连，协同发挥整体育人功能。作为一种“大思政”建设思路，高校思想政治教育打破了传统单一的高校思想政治理论课教育模式，探索与尝试在教育系统内部，通过融合各方面有利因素实现协同育人，将高校思想政治教育教育打造成包括高校思想政治理论课、通识课、专业课以及大学生党建工作等为有机一体的综合教育系统。这种协同更注重大学生的思想实际，注重知识传授与价值引领、活动方式的有机统一，通过积极构建高校育人协同体系，实现高校思想政治教育协同效应，从而引领学生成长成才。