提倡建立强有力农产品区域品牌对农村经济的提质增效已经显而易见，但是，仍然面临着一些问题
1.当地农民农产品品牌意识淡薄，参与品牌建设意愿低。
当地政府对农产品品牌的重视程度和宣传力度不够以及当地农民没有认识到在农产品市场交易中品牌价值的重要性是导致农民农产品品牌意识淡薄的主要原因。与此同时，农民没有看到或直接获得农产品品牌溢价所产生的巨大利润，也导致了农民参与农产品品牌建设的意愿较低。
区域品牌建设是一个长时间的系统工程，涉及到品牌形象、技术服务、产品质量等，需要长时间的资金投入，具有一定的成本。由于农产品区域品牌存在非竞争性和非排他性的特点，导致当地农民并不愿意投入有效的资金来进行农产品区域品牌的建设，对品牌长期建设的积极性和主动性不强，共同创造价值感低，未能形成利益共同体。
2.农产品区域品牌经营主体缺少，品牌同质化严重，定位不明确，质量不稳定，附加价值不高。
一方面，农产品区域品牌存在的非竞争性和非排他性（共有性）的特点使得公共品牌经营主体缺少，很大一部分当地农企习惯搭区域品牌的“便车”，来节省品牌建设和维护的成本。这种现象导致企业缺乏各自独特的品牌定位，同品类区域品牌的同质化非常严重，加上当地政府对区域品牌的保护意识匮乏，导致农产品区域品牌被滥用和盗用；另一方面，品牌资源被过度的开发利用，加上农企缺乏自己的品牌定位，导致了“公共墓地悲剧”现象。此外，过度的区域品牌同质化、差异不稳定的自然资源条件和小规模分散经营中的非标准化生产和短小的加工产业价值链条，可能会导致市场上出现低质量的、附加价值不高的初级农业区域品牌产品。由于信息不对称，导致消费者会以较低的价格购买低质量的产品，从而产生劣品驱逐优品的“柠檬市场”效应，区域农产品的品牌形象也会遭受重创。
3.区域农业产品品牌维护和信誉严重缺乏，品牌创立者和消费者信心不足。
目前，农产品区域品牌缺乏相应的品牌规划和应有的维护，从相应的品牌保护意识到具体的方案都没有形成。从企业自身来看，农产品区域品牌战略的主要形式是相互套用，复制，千篇一律，品牌定位不清晰，缺乏文化底蕴， 品牌宣传匮乏，品牌包装过于简陋，难于形成自己独特的风格。从整个农产品品牌所在的区域来看，区域物流系统建设不完善，农产品的售后服务尚不规范，当地政府着重当前经济利益，对农产品品牌的长远维护力度远远不够，对农产品区域品牌存在的假冒行为打击不足，缺乏对品牌创立者的保护，直接损害了他们的利益，打击了他们对品牌建设的信心和动力。
此外，农产品区域品牌品质不稳定和品牌后续维护能力不足，导致农产品区域品牌信誉受到消费者的质疑。而且，由于消费者体验的差异性，例如口味，观念和认知的差异也导致消费者对区域农产品的评价各异，从而影响农产品区域品牌的信誉。相应的品牌信任机制保障的缺乏导致消费者对农产品区域品牌信任不足，影响品牌的健康发展。