方法是人们为了达到某种目标所采取的手段，能够对活动产生直接的作用。方法论则是主体确立的关于认识客体和改造客体的方法的理论系统。方法论对方法的选择和使用具有规范、指导、评价的作用。方法论是关于方法的一般原理，方法的实施改善并不会影响方法论，只有当对方法的认识提升到了理论层面才会对方法论产生质的影响。所以，对于一种研究方法，我们需要确切地了解它的方法论属性，才能有意识地进行方法的选择，规范性地进行方法操作。
（一）从概念角度说，行动研究是日本课例研究的方法论本质
从对日本课例研究的定义分析来看，很多学者都认同课例研究所具有的目标价值和过程价值。关注课例研究目标价值的学者认为：“课例研究是教师检视、反思课堂教学的有效工具，更是促进教师培养‘学生中心’教学意识的有效手段。”课例研究作为一种手段，为教师进行教学反思、课堂审视提供了丰富资源和有效信息，从而更好地达成教学目标和改善教学活动，以促进学生的发展。关注课例研究过程价值的学者认为：“课例研究是教师以课为载体，对教学实践中的问题展开的合作性研究。”从概念上看，日本课例研究具有行动研究的实践科学特征。课例研究的主体是开展教学活动的教师，所获的研究资料源于实际的教学情景，而日本课例研究的目的定位于长远的发展，其具体的实践目标是为了改善教师的课堂教学，并且强调教师的行动能力和对行动的反思意识。因此，从概念角度说，日本课例研究是行动研究在教学课堂中的具体运用。
（二）从操作过程角度说，行动研究是日本课例研究的方法论本质
日本课例研究的操作过程可以总结为四个步骤：计划(Plan)、实施(Do)、检查(Check)和行动(Action)，简称为PDCA循环。计划阶段主要是课前教师一起讨论筹划一节课的目标、内容、方法等并以教案的形式呈现；实施阶段是课中教师执行教案设计，其他教师共同参与的过程；检查是课后教师一起就课堂中观察到的现象、问题各抒己见，形成新的改善方案；行动则是在下一次课堂中进行再一次的循环。在这个过程中，教师需要通过合作共同完成一次计划，专家虽然会参与到过程中，但主要承担辅助指导的作用。教师在课例研究中所获得知识是公开共享的，并且需要及时的实践转化。研究的成果具有针对性，是在小范围内的运用，不具有宏观上的普遍意义。日本课例研究的操作过程是一种螺旋上升的改进过程，该过程与行动研究完全相符，因此，从操作过程角度说，日本课例研究体现了行动研究方法论本质。
（三）从特征角度说，行动研究是日本课例研究的方法论本质
从整体来看，日本课例研究是教师基于行动、在行动中、为了行动的研究活动。关于日本课例研究的特征，有学者认为第一是群体性的合作、第二是过程性的反思、第三是持续性的改进。日本课例研究是群体智慧的汇聚之交，教师通过同群体或专家的合作可以提高成果的有效性。教师在实践的过程中及时反思，使得反思不再仅仅是一种独立的心智活动，而是将反思与实践紧密结合，并与预期未来的实践相联系。从进程而言，课例研究是一种循环性的研究体系，具有螺旋上升的过程体系；从参与规范性来看，课例研究是有组织性的学习模式，研讨方式程序规范，研讨内容规范。课例研究的规范性降低了研究活动的盲目性、无序性，为教师开展研究提供了着眼点。日本课例研究具有从教师本体出发解放教师的价值诉求，这与行动研究的内在本质一脉相承。
从以上分析来看，日本课例研究契合了行动研究的理论范畴，遵循了行动研究价值指引。所以，把行动研究作为日本课例研究的方法论本质具有合法性。日本课例研究在进行本土化过程中，需要根据我国教育的具体情况进行创新化的转变，而在转变的过程中需要以行动研究方法论作为指导。