目前我国开设环境监测课程的高校很多，其实践教学水平也参差不齐，存在一些不容忽视的问题，主要表现在以下几个方面：
1. 实验教学内容陈旧且单一
由于现代环境监测技术发展很快，许多高校环境监测实验内容往往滞后于新知识和新技术的产生。很多实验指导书已经沿用了十几年甚至更长的时间，验证性实验比较多，反映现代科学技术新成就的实验少，缺乏不同课程相互交叉融合的综合性实验以及设计性实验，而且与我国现行环境监测的实际情况相差较大，跟不上社会发展的需要。这种陈旧的实验内容和方法不仅不能满足学生毕业后工作的需要，也抑制了学生个性思维的发展，不利于学生“创新”意识的培养，不利于激发学生学习的兴趣，导致学生主动学习、探索以及灵活应用知识解决实际问题的能力非常匮乏。
2 实验设备不能满足培养学生的需要
由于受经费的影响，很多高校特别是一般院校对环境监测实验仪器的投入不足，实验仪器种类缺乏，仪器设备陈旧落后，导致一些较新的实验不能开出, 或只能安排参观或演示性实验，更谈不上开放实验室了。此外，有些实验仪器的台数不够，造成一些实验多人一组，学生得不到充分的动手机会。这些因素使得环境监测实验教学效果大打折扣，学生的动手能力得不到应有的培养与锻炼。
3 实验考核方式单一
目前我国各高校环境监测实验课普遍采用平时成绩与实验报告相结合的方式，这种考核手段具有一定的片面性，学生做实验不积极抄袭实验报告等不良现象时有发生，同时也不利于学生语言表达等其他能力的培养，与国外类似课程的考核相比，考核内容有所欠缺。
4 缺少课夹实验以外的其他实践教学形式
许多高校没有充分挖掘环境监测实践的有效资源，把环境监测课夹实验作为学生环境监测课程实践教学的全部内容，而忽略了实习、毕业论文等其他环节中进行环境监测实践的宝贵机会。例如，学生在污水厂进行生产实习时，许多教师仅是要求学生对污水处理工艺进行熟悉掌握，很少有涉及环境监测的内容。