（一）学校和教师观念相对滞后，课程课时数过少
根据《国家九年义务教育课程综合实践活动指导纲要（3-6年级）》，“各小学要统筹规划综合实践活动课时，在保证基本课时（即每周3课时）总数的前提下给予小学生弹性时空环境，允许不同的学习小组或个体有不同学习进度，保证小学生活动的连续性和长期性。”在这一指导纲要中明确规定了小学综合实践活动的基本课时数为三节，但目前很多小学综合实践活动的课时数只有一节，课时数明显过少。并且，综合实践活动这类活动课程还经常会被其他教师占用，这表明，综合实践活动课的最低课时数都不能得到基本保障，课程有名无实。若基本课时得不到保障，那么无论教师素养再高、学生参与性再强，综合实践活动课的效果同样也都是无法保障的。这一问题可以说是综合实践活动课实施中一个最普遍、最基本的问题。而造成这一问题最重要的原因就是学校和教师关于综合实践活动观念的相对滞后以及对综合实践活动课程不够重视。综合实践活动活动课是国家规定的必修课程，但不少教师仍然认为这一课程只是一般的活动课，没有真正认识到综合实践活动课的意义所在，也没有真正理解综合实践活动的本质和性质，这样滞后的观念当然也就造成了对课程的不重视。对课程的不重视也就直接导致课时数较少，基本课时得不到保障。按照传统的观念，人们认为只有像语文或数学这样的课程才是所谓的“主流课程”、才是真正的国家必修课，所以很少有教师去占用这类课程。而综合实践活动这一类课程往往不受重视，就算被其他课程的教师占用也不会让人觉得奇怪。毫无疑问，传统的应试教育深刻的影响了人们的观念。
（二）教师指导力度不够，小组组建不合理，合作效率低下
综合实践活动课的类型多样，实施的形式也是多样的，其中最主要的就是小组合作。小组合作应该说是学生最喜欢的形式。但在小组合作过程中往往会出现很多问题，其中最明显的就是小组成员参与不积极、小组答案不统一。同时，在小组合作过程中，学生时常会因为意见或答案的不统一而产生矛盾。小组的组建一般按照自愿的原则，但组建的过程中也强调教师的指导。在小组的组建过程中，要重视男女搭配以及成员之间的能力搭配，最好能保证每个小组中的成员能力是异质的。而对小学生来说，按照这样的标准去组建小组是很困难的。学生自行组建小组一般不会考虑到上述因素，往往都是按照自己的喜好或与同学的亲疏关系来组建小组。同时，学生在小组合作过程中并没有真正的合作意识，也没有认识到小组合作的重要性，认为小组合作就是几个同学聚在一起完成任务，无法充分发挥小组合作的作用。学生观念中缺乏合作意识，那么小组合作的效率也肯定不尽人意。而小组组建不合理的另一个重要原因就是教师的指导力度不够。小学生的自身发展水平不足以让他们做出正确、合理的决定，因此在分组过程中就非常强调教师的指导。但教师往往在这一环节“不作为”，放任学生自由组合，还声称是为了坚持自愿、平等的原则。殊不知在缺乏教师指导的情况下，小组组建不合理会严重影响课程的实施。
（三）小课题难度过大且学生能力有限，难以完成任务
这里指的小课题主要是学生根据教师的相关具体要求、由学生自行选择并完成的关于综合实践活动课的主题。这类小课题往往以小组合作的形式讨论并提出，最后再由学生自行完成并展示成果。但很多学生都认为教师布置的小课题实施很困难，难以完成任务。甚至教师需要学生以小组合作的形式、在不加任何教师指导的条件下去构想小课题的主题，这对于学生来说，无疑是很困难的。众所周知，小学生的自主性和逻辑性较差，缺乏必要的经验和知识，在他们已有的发展水平中，几乎不可能在没有教师指导下以小组合作形式去完成这一任务的。再加上小组合作也存在诸多问题，这就意味着完成小课题这一任务是难上加难。一方面，小课题的难度过大，这是学生难以完成任务的客观原因；另一方面，对于小学生来说，他们的知识和能力是有限的，在已有知识能力水平下，学生有心无力，也就很难较好的完成小课题，这直接影响到了小课题完成的效果。