对于领导干部自然资源资产离任审计的评价指标设立上，从2013年提出相关概念至2015年底，基本处于探索阶段，大多数研究人员主要着手于思路研究，即重点明确此项审计的审计思路及实施框架，2016年开始大规模试点后，越来越多的学者及审计人员开始大胆的尝试设立一套相对完整的指标体系来对领导干部进行评价，并在此基础上不断总结与改进相关的理论研究，至目前为止，领导干部自然资源资产离任审计评价指标的设立相对成熟。
张宏亮等（2015）提出可以采用主、副指标相结合的方法，以普遍存在、突出重点问题的指标为主指标，其他有关指标为副指标；朱萌（2015）根据 PSR模型从压力、状态及响应层面建立评价指标作为变量用于研究政府水资源环境项目绩效评价；程月晴（2015）根据PST模型将指标体系分为目标层、准则层、要素层、指标层的递进性和层次性的结构 ；刘明辉和孙冀萍（2016）从投入、过程、产出、成果、影响等五个角度来对审计内容分门别类，选定适用指标；杨蕾（2016）通过对自然资源资产离任审计内容的分析，从定性和定量两方面设置一级和二级指标，主要包括环境治理状态、改善、资源保护、环保工程建设指标等。
虽然随着大量试点的推广，领导干部自然资源资产离任审计评价指标的设立虽然相对成熟，但仔细阅读大量文献可以发现，仍然存在许多的不足：
（一）指标的设计过于繁琐，未考虑实际工作情况。许多学者直接根据环境监管部门的相关数据设计大量的自然资源资产约束性指标，过于注重全面性而未考虑到实际可操作性，对于审计人员来说，此项审计工作开展时间还不算长，至今都仍处于不断摸索的阶段，若指标设计过于繁琐会导致审计工作的展开极为困难，对于一项新兴的审计制度而言，指标设立的重要性理应高于全面性，随着审计工作的逐步展开，结合实际工作经验再逐步往全面性发展。
（二）指标的设计关联性不足，各项主指标过于独立。许多学者在设计指标时，没有充分依据相关规定，大多属于想到什么就设什么，各项指标之间几乎不存在内在逻辑，导致设计的评价指标始终缺乏一定的说服力。
（三）定性指标的考核标准不够明确。定量指标由于有着国家下达的各项政策作为直接考核标准，往往只需搜集相关的数值然后与要求的数值进行比对即可，但难以量化的定性指标往往要么被学者刻意忽视，要么只有一个空指标在那，对于难以量化的定性指标考核标准的确立目前为止尚未达成统一的意见，仍需进行大量研究分析。
（四）未表明打分方式或打分方法不严谨。设计好评价指标后，如何运用合理的打分方式也是极其重要的一环，任何一项评价指标体系构建的初衷都是尽可能的客观公正的评价某人或某事，在尽可能的设计好科学的指标后仍需考虑打分的方法，在目前本人阅读到的相关文献中极少有对打分方法进行详细的说明，这理应是必不可少的一环。