大多数医学院校对新文件要求的临床型研究生的创新人才培养体系认识存在偏差，而且在教学实践过程中常常又缺乏相应的政策支持，缺少对临床研究生科研工作时间和经费上的投入。许多临床型研究生简单地认为科研与临床是完全分开的两部分，只要具备良好的临床思维，掌握临床知识和临床技能就能成为一名好医生，忽视对科学研究思路、技术和方法的学习和培养。
扎实的理论知识是研究生创新能力培养的前提，理论创新活动不是凭空创立新理论，而是根据遇到的问题进行理论探究，提出新假设，最终得出新结论的活动。因此，学校除了设置必需的公共必修课、专业基础课、专业课和选修课之外，还应积极引进高精尖人才讲授国内外最新科研进展和热点内容、剖析和实践高端实验技术、互联网大数据分析和处理和核心期刊文献导读等课程，同时积极邀请国内外知名专家教授讲授科研思维和技术路线，启迪学生寻找问题、发现问题和解决问题，培养医学研究生的科学思维和科研兴趣。导师是研究生教育中最直接的参与者之一，对研究生的培养方向和思路必须有非常清晰的认识，才能有针对性地为启发刚刚入学的研究生发现临床科研问题，挖掘学生潜力；循序渐进的培养学生的科研思维，从规定文献阅读，进而指导学生自己查找文献、寻找问题，到独立思考和分析问题，设计科研路线解决问题。另外，成立临床和专职科研导师组，通过科研与临床的结合和碰撞，每周1次的科研研讨会，到达拓展学生知识面，增加其问题意识和求知欲的目的。