创新创业教育与应用型本科上述教育目标一致、内涵相通、效果互促的教育特征和契合关系，赋予了两者融合可行性的理论基础。以此为基础，有必要围绕两种人才培养的目标要求，从知识、能力和素质三个层面入手，构建起一个与创新创业教育高度融合的应用型本科教育人才培养体系。
1知识层面：“专业领域通才+个性化成长”
知识是人类在实践中从客观世界获得的认识和经验的积淀成果，是人类从各个途径中获得的经过提升总结与凝练的系统认识，包含了一般知识和专业知识。应用型本科人才以适应行业与职业岗位需求为本位，在强调专业知识的同时，倡导自然科学与社会科学交融、知识素养与职业技能并重，这使应用型本科人才的知识结构具有了复合性特征，是各自专业领域的“通才”。
创新的基础是继承，没有相应基础知识与基本技能的储备和对科技成果的学习，创新能力也难以表现。因此，应用型人才的知识储备同样是创新创业型人才所需要的。所不同的是，创新创业教育在加入创新创业基础知识和创新创造技法教育的同时，强化自我认知和个性化学习，注重因材施教和对学生个性化知识体系的构建。
2能力层面：“职场多面手+创新创业能力”
能力是主体可胜任某种操作的本领，是知识外化为可产生某种效率效度的操作力。应用型本科人才的未来工作任务主要是在一定理论规范指导下的实践性工作。需要他们具备较强的分析和解决实际问题的能力、较强的专业实践能力、必要的社会适应能力和与时俱进的终身学习能力。因而，其能力结构具有显著的实践性、技术性特征，是未来职场上的能手和“多面手”。
创新创业能力教育则更加注重对学生的创新创造思维的训练，主要围绕创新想象能力、逻辑思维能力、批判思维能力三个方面来展开，培养学生打破常规、突破传统，敢于怀疑和批判的科学态度，以更加多元的视角看待问题及解决面对的问题。