当前课程思政中存在着思政教育融入专业教学的显性化、形式化与功利化困惑。
1.思政教育显性化缺乏融合性
在理工科及自然科学专业院校课程思政教学中，专业课教师片面地认为专业课教学内容难以融入思政元素，简单采用课前5至10分钟专门进行形势政策解读、时事政治宣讲，使思政教育从形式上割裂于教学过程，从内容上分离于教学内容。生硬开展课程思政，难以达到思政引领的教育作用，还容易使学生产生对课程思政的误解与逆反。
2课程思政形式化缺乏有效性
在全课程思政教育的新形势下，高校按照要求聘请专家讲座、开展课程思政教学比赛、总结课程思政教学案例，上报情况，媒体报道热热闹闹、轰轰烈烈，但教学应用并无大的改变，专业教学仍以知识传授、技能培训为主，依然是重教轻育的教学模式。价值引领、品德教育、职业情怀仍单纯依赖于思政课程和学生管理队伍，没有真正做到将思想政治工作贯穿于教育教学全过程。
3课程思政理解狭义化缺乏针对性
不同学科、不同专业蕴含着不同的思政元素，不可一概而论。在目前的课程思政教学中存在着对课程思政的狭义理解，认为就是在专业课中加入红色革命历史、英雄人物事迹、模范典型事例等内容，没有对具体学科和专业课中蕴含的育人元素和价值取向进行充分的挖掘，既打乱了专业课的内容体系，又不能很好贴近专业课进行有针对性的课程思政教育。