通过历次专项调查初步掌握了全市各类自然资源资产的基本现状，但与当前统一要求、统一方法、建立全口径全民所有自然资产数据库的要求还有较大差距，无法满足清查需求，主要存在技术层面和工作层面的诸多问题。
（一）技术层面问题
1.现有统计数据难以满足清查需求
一是缺少自然资源资产属性信息。重庆与全国大多数省市一样，以往有关自然资源的清查（调查）存在“重实物量、轻价值量”的现象，多以数量、质量、用途、分布等资源属性信息为主，反映自然资源资产家底的价格、收益和使用权情况等资产属性信息不全，尤其是草地和湿地资源表现最为明显。
二是不同种类自然资源清查时点（时期）不统一。重庆土地、森林、草原和湿地资源最近的清查时点分别为2017年8月至今的第三次国土调查、2017年森林资源一类清查复查、2017年草地资源清查、2010年全市湿地资源调查，各类资源的清查时点（时期）不统一，不利于数据信息对比分析，尤其是湿地资源调查时间比较久，数据的现势性不强。
三是部分自然资源基础数据缺口较大。全市各类自然资源中，除土地资源基础数据较好外，其他自然资源由于以往统计监测能力弱、网点少、频率低，加之自然资源交易、使用和管理不完善，市场发育不充分，市场管理制度不健全，部分资源资产的交易行为少、交易价格信息少（如，草地资源），甚至没有交易（如，湿地资源），导致部分基础资料缺口较大。
2.现有清查数据整合难度较大
全市以往各种自然资源调查（清查）工作分别由各自然资源主管部门完成，存在不同部门对同一指标的定义不一致，在实际调查过程中认定方法、范围、用途理解也不同等问题，比如国土资源部门与林业部门对林地定义不同、国土资源部门和农业部门对耕地质量与草地的定义不同等，导致同一种资源由不同部门统计出来的数据差异较大。随着全民所有自然资源清查统计工作的开展，需对各自然资源清查数据进行整合，达到同一概念、同一口径、同一标准等的要求，就目前来看各类自然资源数据的整合工作难度较大。
3.清查技术规范尚未明确
由于目前国家尚未正式出台全民所有自然资源资产清查统计的相关技术规范和标准，关于此次清查统计涉及的自然资源资产类型的细分、指标选取、统计口径以及统计深度等关键问题也尚未明确，使得重庆开展全民所有自然资源资产清查统计的前期研究工作过程中，存在研究方向缺乏指引、总体工作思路及流程可操作性偏弱等问题。
（二）工作层面的问题
1.地形高低悬殊、地貌类型多样
重庆山多河密，地势沿山脉、河流起伏，南北高、中间低，构成以山地、丘陵为主的地表形态；高低悬殊，最高处大巴山阴条岭海拔2796.8米，最低处巫山长江水面海拔73.1米；地貌类型多样，有中山、低山、高丘陵、中丘陵、低丘陵、缓丘陵、台地和平坝等8大类，在背斜条形山地中发育了渝东地区特有的喀斯特槽谷。相对其他地形平缓省市，重庆复杂的地形和独特的地貌给清查统计工作来带一定难度。
2.缺乏成熟的工作机制和技术队伍
长期以来，由于全市各类自然资源一直由原国土、林业、水利等多个部门分别管理且以有于利用为导向，没有统一组织开展过全民所有自然资源资产的清查统计工作，自然资源管理相关理论也多聚焦于自然资源某一方面的管理或是较为广义的可持续利用理论，导致当前没有形成各类自然资源统一调查（清查）的成熟工作体制机制，缺乏同时掌握多种自然资源相关知识的专业性技术队伍。
3.自然资源主管部门机构改革刚完成
重庆自然资源主管部门机构改革刚完成，从市级到区县各级自然资源管理部门虽然已经挂牌成立，但是目前各级自然资源管理部门的职能职责还在梳理之中，加之以往各部门对自然资源的概念认定、统计口径、统计标准等不统一，给开展全民所有自然资源资产清查统计带来一定困难。