理工类专业课程侧重知识与技能的传授，忽略了对家国情怀、人文素养、科学精神的塑造和培养，具有专业性强、实用性高的特点。这使得理工类专业课程在开展“课程思政”的实际教学中面临着诸多的困难。因为“课程思政”不是将思政知识碎片化、机械化地植入到课程中，也不是在专业知识讲解后抽出一部分时间单独对思政知识进行学习，而是真正地将思政知识嵌入、贯穿到专业知识的讲解中，做到寓思政于课程，融思政于课程。
1.理工类课程教学缺乏“道”的阐发和弘扬
理工类课程的教学重点在于专业技术和知识层面的传授，人文社科类课程的重点在论道。相对于人文社科类课程而言，理工类课程要求学生掌握相应的知识要点和技术手段，过于注重学生的专业技术，忽视了人文素养的熏陶和培养，出现较为明显的“术”与“道”的断层。这种口径窄、内容单一、专业化的教学模式，虽然有益于培养专业技能过硬，竞争力强的用型理工类专业人才，但也使理工类的学生出现严重的知识面窄、文化素养薄弱、人文素质起点低、社会适应能力差等诸多问题。
理工类课程是以自然界物质的各种类型、状态、属性及运动形式为研究对象，具有客观性。理工类课程的这一属性，加大了将思政知识融入理工类专业课程的难度。
2.理工类课程教师对思政育人的重要性认识不足
教书育人是教师的使命，但是很多理工类教师认为思想政治教育工作主要是依赖思政课教师、辅导员、党团等，在课堂只教授专业知识与技能，弱化了学生的专业思政教育工作，甚至出现“重才轻德”的现象。教师是学生的镜子，学生是教师的影子，由于对思政育人的重要性认识不足，不仅使理工类教师无法正确引导学生思想发展，帮助他们树立正确的价值观，还导致学生对思政知识学习的不重视，违背了育人的初心。
3.理工类学生具有一定的群体性特征
随着时代的变化，不同价值观的相互冲击，理工类学生的价值观趋向多元化，使得理工类学生对价值主导的认同较以往更加困难和复杂[9]。马克思主义是当代中国社会的价值主导，但在经济全球化、文化多样化的大背景下，西方意识形态的渗入，让部分理工类学生出现价值偏差，对马克思主义产生怀疑，理想信念不坚定。
由于学科的专业特点，理工类学生在学习的过程中重视公式的推导、演绎及应用等，理性思维敏捷。理性思维的养成在培养学生细心、严谨的学习态度的同时也有可能导致学生的思维过于片面，缺乏思辩能力，不能从全局性的角度分析、解决问题，对思政学习持漠视态度。