朝鲜王朝从建立之日起，朝堂上的朋党之争就从来没有停止过，到了王朝中期，发展到越来越激烈的程度，先后爆发了“乙亥党论”，促使东人党（岭南学派）和西人党（畿湖学派）两大政治势力对峙局面的产生。与此同时，朝鲜的两位大儒学家李滉与李珥，因为对从中国传来的程朱理学的不同解释，导致了思想上的对立。李滉认为程朱理学的核心在于“主理说”，李珥则认为程朱理学的核心在于“主气说”。这个思想上的对立很快被朝廷的朋党斗争利用。东人党支持“主理说”，而西人党则支持“主气说”。两党从学术之争很快发展到了人事之争，令朋党的影响力迅速深入到朝堂的各个阶层；东西两党决战的焦点是储君问题，由此引发建储之争。储君之争的结果引起了东人党内部的巨大变化。东人党又很快分裂为南人党与北人党两大新的党派。与此同时，朝鲜的近邻日本在丰臣秀吉的领导下初步完成了统 一，并把目标直指大陆上的明朝和朝鲜。大陆北方的女真部落正在不断统一强大，对朝鲜的威胁也越来越多，而朝鲜的国势却江河日下，外患与内乱同时加诸到朝鲜王朝的头上。
1592年，做好精心准备的丰臣秀吉正式发布命令，以九个军共十五万兵力，大小舰艇七百余艘，出征朝鲜。日本大军兵分三路向北部朝鲜快速挺进，朝鲜将军申砬受命仓促集结了一万多人，在忠州背江与日军三万人激战，全军覆没。随后，日军如入无人之境，沿途各道守军望风而逃，不几日日军已经到达汉城城下。五月二日，日军登陆仅十七日，便兵不血刃地进入朝鲜国都汉城。处在绝望中的宣祖采纳了尹斗寿的建议，派遣使臣向明朝求救，这就是朝鲜历史上有名的“壬辰倭乱”。至此，朝廷的政治格局被“壬辰倭乱”冲击成一盘散沙。不堪的政治形势让有责任感的士人内心倍感忧虑，他们沉痛地分析国势衰亡的原因：

小官嬉嬉于下姑酒色是乐，大官泛泛于上唯货赂是殖。……内臣树援龙拏于渊，外臣剥民狼恣于野，亦不知皮尽而毛无所附施也。
用非其人，则君子在野，小人专国。自古权臣专国者或有之，戚里专国者或有之，妇寺专国者或有之，未闻有胥吏专国如今之时者也。政在大夫犹不可，况在胥吏乎！……公卿大夫济济，先后相率而归……军民廉政、邦国机务皆由刀笔之手……

政权衰落不在外患，而重在内忧，而内患的根源在于“君子在野，小人当国”。“小人当国”的直接后果就是民乱、朝廷大坏。朝鲜有识士人认为民乱、民散、朝廷大坏、士气不振的现实是亡国大患：

君依于国，国依于君，民散则国亡，故先王之治，保民为大。为人，上惠泽不下，而望下之人亲上事长之义，难矣。当今之世，大小溃裂，内则朝廷乱，外则百姓乱，其本在朝廷。朝廷大坏，士异论人异交。所忌者，直道敢言。所趋者，形势利害。所蔑者，读书修行。文武用才，毋论其人之邪正善恶，多是私恩旧好，姻娅亲属，或市井族种，曩时昏朝之渐，不过如此图，殿下临御，而朝廷至此也。仕路污浊，廉耻之士，谁肯愿立于朝也。国何恃而不倾人心，何仰而不散，灾害何弭而不并至哉。虽有圣人，不能为之谋也。此亡国之事也。善为国者，制治于未乱，弭患于未萌，今已晚矣。

许穆痛斥民心之乱、士气不振，以及国家混乱的原因在于朝廷之大乱。所以，他强调制治于未乱，弭患于未萌，乃为国之要谛。他考察了朝廷混乱的各种远因和近因，最后总结如下：

上初登至尊，首正邦礼。罪人既黜，人心悦服，四方想望。数年来治道坏亡，百姓失望，怨咎随起。何也，教亡政乱，朝廷大坏。无法无纪，捐廉耻，弃礼义，贪欲无厌，人之理，盖极乱矣。庶事溃裂，人各异心，立党相攻，白黑混淆，流言相谤，至诬上行，私而不可止也，此皆亡国之治。国无蓄犹以为国不为国，况无法无纪，而能为国乎。臣闻，国之乱在人，贤良进，则善绩兴，而治道成。小人用，则庶政乱，而灾害生。考之历代兴国亡国，一一皆然。自古亡国之君，谁不欲任用忠良长久治安，为子孙万世计也。所谓忠者非忠，所谓计者非计也。巧言似信，谗言似忠，奸邪日进，良善日疏，国事日非，卒至于身亡国败，而不自觉也。忠言逆耳，便侫易悦，虽有明哲之君，或不得免焉。此圣人所以畏巧言令色孔壬者也。

许穆分析朝廷大坏的原因，第一在于无法无纪，捐廉耻，弃礼义，贪欲无厌，已达乱极。尤其是由于这种混乱，人各异心，立党相攻，流言相谤，已到亡国之境，仍不得清醒，又无教化，所以是亡国的形势。第二，任用人才之混迷不清。贤良日疏朝廷，奸巧小人立于朝廷，奸邪之辈日益得势，良善日疏，国事日非，最后导致身亡国败，而不自觉。尤其是忠言逆耳，便侫易悦，作为人主不警惕这些就会言辞不通，上下左右不通，就会诸事不顺不成。