高校是生态文明发展和弘扬的主要阵地，高校师生是生态文明的建设者和传播者。高校要充分发挥高等教育的基础性、先导性和全局性作用，逐步将高校建设成为新时代生态文明建设的思想库、创新源和人才泵，助力新时代生态文明建设不断优化以迈向新境界。但我国高校生态文明教育面临着“有要素、无体系”“高认知、低践行”“分化多、融合少”的现实困境。
第一，高校生态文明教育存在“有要素、无体系”的状况。高校的生态文明教育总体存在过于专业化或碎片化的两极状况，尚未形成系统完善的生态文明教育体系，层现出“有要素、无体系”的特点。一是高校生态文明教育管理体制不健全。高校普遍缺乏统筹推进全校生态文明教育的专门机构与协调推进全校生态文明教育的专门负责人员；且生态文明教育的评价、督导、参与机制缺失，以及生态文明教育总体规划不足。二是高校生态文明教育课程体系不完善。高校普遍尚未形成专业课与通识课、必修课与选修课无缝组合衔接的生态文明教育课程体系；且高校生态文明教材体系处于浅层化和碎片化的状态。三是高校生态文明教育教学体系不完备。高校教育教学中普遍存在通识性生态文明教育师资匮乏，教学手段和教学方法单一，教学内容浅层化和同质化，理论教学与生态实践脱节等困境。
第二，高校生态文明教育存在“高认知、低践行”的状况。我国生态环境部环境与经济政策研究中心发布的《公民生态环境行为调查报告（2019年）》显示，我国居民在绿色消费、垃圾分类、监督举报和环保实践等领域存在“高认知度、低践行度”的现象，这一现象在高校学生中也普遍存在。虽然高校学生的生态文明意识已经有了明显提升，但主要还处于生态文明的认知层面，呈现出“高认知，低践行”的特点。尤其是在日常生活中做到节能环保、制止他人污染的行动自觉还不够，且主动参与基层社区和乡村的生态调查、生态保护的意识和行动都不足。
第三，高校生态文明教育存在“分化多、融合少”的状况。高校生态文明教育的形式趋于多元化，但总体存在“分化多、融合少”的状况。一是马克思主义生态文明理论与高校生态文明教育融合不够充分，且高校生态文明教育和专业教育各行其是，尚未形成同向同行的育人局面。二是高校生态知识教育与生态实践和科研创新联动不足，重理论传授、轻实践参与，学生环保自觉意识不足，生态责任感虚化。三是高校生态文明教育的信息化技术融入不够，较为单一的教学方式导致单向式、灌输式教学仍旧明显，未能充分利用网络化、信息化、虚拟化的技术优势开展生态文明教育。