（一）政府职能边界不清导致干预始终存在
无论是国有控股的金融机构，还是按市场机制建立的新型农村金融机构，其背后都在一定程度上存在政府的影子，这决定它们不能真正按市场规律进行运作。比如2008年次贷危机后四万亿刺激计划实际上就是银行受政府行政干预而实施。
现实中，政府主要是利用行政命令手段，而不是致力于建造保证市场机制运行的制度环境，职能边界的不清，加上农村金融的“内生不足”和“外生困难”的特点，制约了农村金融的发展。
（二）所有权与控制权相割裂制约其运作效率
商业化银行的出资人是财政部，实际控制人是中央政府，其经营管理不可避免受政府影响。农业信用合作社出资人是全体社员股东，但是直接管理机构又是省联社。即使是作为按市场原则建立起来的村镇银行与小贷公司，其主发起人也是由政府控制的商业银行。政府或代表政府的监管部门对整个农村金融的过度干预，使得所有权与控制权相割裂，权、责、利不统一，制约农村金融机构的运作效率。
（三）政府干预增加了农村金融活动交易费用
按照科斯定理，只要产权界定清晰，资产就是有效率的。农村金融机构因为政府不同程度的干预，导致产权不清，责、权、利脱节，交易成本高昂。政府为减少筹资成本而控制农村信贷资产价格。这种做法因为产权模糊而导致了“寻租”行为，使一些“特权”企业轻松获得大量信贷资产，这些信贷资产被低效运转或被转贷，留给农村金融机构的是大量不良贷款。而普通乡镇企业和农户则不能获得急需的资产或者付出更高的成本，进而削弱企业的盈利能力，反过来又制约着农村金融机构的健康发展，导致更高的社会成本或“嫌农嫌小”现象恶化。