1 选择范围受限
选课制要有效实施，就需得到量大且所涉面广地课程资源强有力支撑。但就目前来看，我国高职院校所采取学习机制基本上是以学年制为主，学分制为辅方式，其中，必修课与选修课占比约为7:3，而选修课又可分为限选课与任选课，二者比例为2:1。在高职院校学籍管理体系中，专业课总学分大概在130分上下浮动，而必修课占比较高，其学分保持在115分左右，所以，从整体层面分析，事实上学生自主选择权较小，选择范围也受到限制，甚至在可选课程当中也掺有专业选修课。就赣州师范高等专科学校而言，以商务英语专业为例，该专业总学分为108分，必修课为87学分，占比高达80%，而选修课仅占20%，其中公共选修课只有12学分，占比不足1.3%，由此可见，选修课占比明显偏低，学生课程选择范围更是受到较大限制。
2.整体质量偏低
在高职院校选课制学籍管理体系中，学校对选修课重视程度偏低，部分课程以网络慕课形式由学生自学的方式进行，致使管理相对松散，缺乏凝聚力以及有序性，课程整体质量偏低。学校方面，选修课审批与管理工作较为宽泛，其严格规章制度也存在偏位现象；教师方面，存在着部分教师积极性与对选修课热情不高，或将其作为常规教学工作的补充，或为弥补课时的权宜之计；教材方面，适当教材偏少，部分教师智能依托多媒体课件或讲义，进行宣读，系统性、整体性缺失，同时，选修课人数较少时也限制着教学开展，因此，选修课程实际授课也只能泛泛而谈，浮于表层，难以讲深、讲全、讲透。并且，课堂教学及其管理较为松散，教师备课不充分，学生也仅为更易获取学分，迟到、旷课等现象较为严重，而期末考试简单化，表现较为随意，此上种种，共同导致高职院校选修课程教学难以有效开展，整体质量偏低。
3 引导机制缺失
引导机制缺失的问题，在高职院校选课制学籍管理中普遍存在。多数高职院校未在学生选课时，予以统筹安排，并予以合理化、科学化引导，同时，学生的此类经验及自辨力是欠缺的，对所选课程实际意义不甚了解，这便导致了学生选课的片面性、盲目性、以及功利性。对于学生来讲，学生很少基于专业知识结构视角，对课程选择做出合理考量，甚至将选课意义、作用及自身兴趣等完全忽视，而是从学分获得容易程度出发，从众式、随意化地进行课程选择，或与同学择同一课程，或选熟悉教师所负责课程，甚至出现能选就选什么，选到什么就是什么等情况。这在很大程度上决定了选修课程教学的随意性，及其管理的松散性，严重妨碍着高职院校选修课教学成效提升，以及选课制学籍管理水平提高。