1信息传递不及时
供应链管理涉及生产、运输、销售等各个环节，这其中参与的生产经营者和工作人员的数量是相当庞大的，因此在信息传递的过程中经常会出现信息传递效率低、信息更新不及时等问题。对于供应链而言，核心企业是其存在和运行的根本，而物流运输单位、经销商和零售商等都是服务于核心企业的。由于各单位管理者能力和水平的不同、各单位公司组织架构的不同，造成各单位内部的信息传递和流通差异，从而影响整个供应链信息更新的时效性。同时，由于一般核心企业都掌握着大量同类型中小企业的信息资源，因此各中小企业的信息向核心企业汇聚时，往往会出现短时间内信息数量剧增的现象，影响核心企业信息处理的速度和效率，导致信息传递不及时的问题出现。
2组织化程度低
在以往大部分的供应链环节中生产、运输、销售的各环节都存在组织化程度低，难以进行集中管理的问题。在生产环节，核心企业内部的生产经验活动能够较好地实现组织化管理，但是核心企业所管理的中小企业间却总会因企业规模、产量、人员管理等问题而难以进行统一规则的制定，较难形成组织化管理。在运输环节，由于各不同运输方式所耗费的时间、所需的人力物力资源的不同，也较难制定统一的规章制度。在销售环节，分销商和零售商面临的客户群体、所处地区消费者的消费能力等都严重制约销售环节统一规章的制定，加之不同分销商和零售商之间的竞争，导致销售环节的组织化程度低。
3系统运行成本高
供应链管理系统的运行成本由供应链各环节的统一管理成本、供应链的整体顺畅运行保障成本、核心企业对供应链各环节的监督管理成本等要素组成。由上文可知，以往供应链各环节的组织化程度低，难以形成统一管理，因此就容易导致供应链统一管理成本高的问题出现。而供应链整体顺畅运行的保障包括国家税收，供应链各环节器材设备的维修、养护、更换和管理，人员的聘用和培训，日常运营管理费用等，这些环节都是影响供应链管理运行成本高低的重要因素。核心企业对供应链各环节的监督管理成本的虚高，则主要是由于核心企业的信息更新不及时、存在信息漏洞、管理观念老旧、管理方式僵化和供应链各环节不能及时提供信息，难以形成统一的组织管理架构等问题。
4管控力不足
核心企业的管控能力除了受供应链各环节的影响之外，还会受到核心企业内部管控思想的影响。核心企业内部的管理者对供应链管理的认识不到位，导致管控能力不足，从而影响对供应链的整体管理，极易导致供应链整体运行模式僵化，影响供应链管理模式的发展。