传统机械专业人才培养模式体系虽然日趋完善，但人才培养方案目标并不明确，高校未将人才的工程实践能力和综合创新设计能力的培养目标贯彻彻底执行。目前阻碍深化工程教改的几个方面总结如下。
1 人才培养方案建设滞后，不满足市场经济发展需求
机械电子工程旨在培养为新时代经济发展提供富有实践能力和具有创新精神的复合型高级工程技术人才。目前，应用型高校机械电子工程专业的课程群建设滞后，人才培养方案“重学分”，并不能适用于新时代市场需求和经济转型发展的要求。
2.工程实践能力薄弱
机械电子工程专业对于工程实践能力要求较高的综合型跨专业学科，工程实践经验是学生职业发展的重要财富，也是衡量学生未来发展的主要依据，没有工程实践的基础何谈创新。再加上学校实验实训设备陈旧、“双师型”教师团队的缺乏，导致学校“重理论、轻实践” 。
目前人才培养方案主要集中在理论课程的建设，对于实践教学方面比较薄弱，不利于培养学生的工程实践能力。只要改革把理论与实践深度融合，才能实现理论与实践并重，将理论用于实践，在实践中巩固知识，提高学生的综合能力。
3 创新能力培养不足
传统机械电子工程专业人才培养方案主要是“重理论，轻实践”，因学校学分设置整体偏高，为了让学生在大四上半学期去实习，会压缩人才培养方案的课程，导致学生处于学习真空期，知识连贯性不完整。例如理论力学、材料力学、机械设计基础等课程。同时人才培养的目标主要面向传统的产业，很难支撑新工科中新技术及新领域的发展。创新源于实践，因为学生实践训练的项目不足，难以激发学生的创新思维和提升创新设计能力，最终导致创新能力不足。