十八大以来，随着党对意识形态工作的高度重视，基层领导干部已经深刻认识到了意识形态工作的重要意义，加强意识形态建设的必要性和紧迫性。但是由于业务素质、业务能力及业务水平的限制，一些基层领导干部对意识形态工作的任务、方向、总体要求及主要抓手等仍然存在与意识形态工作要求不相适应的一面。主要表现为：
一是意识形态认识水平不到位。上面千根线，下面一根针。对于基层领导干部而言，除了做好本职工作之外，还要做好上级安排的各种工作，工作越多，应付就越多，实际效果就越小。意识形态工作，也只是众多工作之一。只要平时上级不检查、不出问题，都可以先缓一缓，放一放，因此在思想上放松，认识上不足，行动上不够。同时意识形态内涵具有很强的理论性和抽象性，如意识形态的基本内涵、基本内容、基本特征等，都是比较难以掌握的理论知识，这对于基层领导干部而言，容易产生不愿学、不想学的畏难和抵触情绪。
二是意识形态工作开展实效性不足。由于对意识形态基本理论的欠缺，反映在实践层面上，基层领导干部对分管的事可以做到事无巨细，对分管的人做到不出纰漏，但是意识形态工作如何和实际工作结合起来，如何体现意识形态工作的具体性、实效性，如在本职工作或者分管领域中的意识形态管理、自己所在科室人员的意识形态工作等，则心有余而力不足，总是感到无从下手。
三是对意识形态工作方式不够，方法不多，经验不足，应对不够。由于意识形态领域的复杂性、隐蔽性，各种非社会主义意识形态对主流意识形态的冲击，各种反社会主义意识形态通过各种方式和途径对进行传播和渗透，对社会主义意识形态安全带来危害。加上当前网络技术越来越完善，传播速度越来越快，如对于形形色色社会思潮的认识与斗争、网络意识形态的防范与监管、三种地带的分析与识别等。这些问题对基层意识形态工作者提出了挑战。对于基层领导干部而言，在认识上不够，对意识形态斗争的辨别力不足、防范意识不够，处理意识形态具体问题方式不多，老办法不够用，新办法不会用，硬办法不敢用，既难以发现在工作领域中存在的意识形态潜在问题，也难以应对意识形态工作中的问题和矛盾，使非社会主义意识形态和反社会主义意识形态在在自己分管领域内大行其道，严重影响了社会主义意识形态凝聚力和引领力，影响了党和人民共同奋斗的思想基础。
基层领导干部在意识形态工作中存在的问题是多方面的，究其原因，实际上是意识形态工作能力不足的问题。主要表现为对于意识形态工作的认识能力、意识形态问题的处理和解决能力、对意识形态工作的监管能力、对意识形态存在风险防范能力等方面。因此提高基层领导干部意识形态工作能力，是摆在当前加强意识形态建设的重要问题。