传统扶贫资金往往受到空间、时间和资源等方面的种种约束，导致规范风险、贪腐风险、资金滞留、效率低下等。而财务共享模式实现了从申请审批到报账监管的扶贫财务业务线上全过程办理，不仅很好地解决了村级会计专业素质低下或专业人员缺乏问题，更是大大提高了地方的财务信息质量水平，同时，在很大程度上压缩了贪污的空间，提供一个更加公正廉洁的办公环境。但与此同时，财务共享中心模式也面临着一些未知的风险与挑战。
建立产业扶贫财务共享中心后，会计核算、资金结算、会计档案管理、会计检查等工作方法会随着会计处理形式的改变而相应地发生一些变化，共享产业扶贫资金也会产生一些新的风险。
（1）错报风险
政府财务人员需要从传统的做账方式转移到全新的产业扶贫财务共享中心线上操作，转变过程中可能会遇到处理不当、处理错误等问题，从而导致不恰当的会计核算。
（2）集中风险
预算管控、账户管理及使用、资金管理、资金收支等多功能集于一体，一方面提高了资金使用率，加强了扶贫资金的监管；另一方面也代表了权力的集中，而权力集中之地就会有潜伏的廉政风险，如县级财务管控人员私自篡改账户信息，导致相关资金流失。
（3）监管风险
大部分扶贫地区地理位置偏远，受着很多实际情况的制约难以满足财务规范化的要求，若资金预算管理、资金结算管理难以形成有效的监管机制，对扶贫项目和相关资金存量、流量和流向就难以把握和监控，资金预算和资金结算管理可能就流于形式，形同虚设。
（4）网络安全风险
全面实行线上扶贫项目预算、申请、审批、核算、结算及资金监管，涉及到的操作系统和操作人员众多。操作系统硬件配置不行、软件不支持以及安全措施不到位，或资金数据被无痕迹篡改、截取和泄露，或操作人员安全意识薄弱等网络安全问题不容忽视。