（1）组织管理变革风险
组织管理变革是实施财务共享中心引发的组织层面的变革。重新定义组织制度风险，如以前的扶贫资金管理办法的要求和相关程序步骤在线上业务办理面前可能面临失效的风险；重新调整组织结构风险：财务共享中心的建立会大量释放劳动，从而减小对财务人员的需求，尤其是村镇部门的会计需要进行职能转变；重新划分职能权限风险，过去各司其职，主任和党委书记管审批，扶贫工作办承上启下，扶贫工作队办事情，报账人员管报账，纪委监管......但是财务共享把一切活动从线下转移到了线上，职能会发生相应的变动以适应财务方式的改变。
（2）业务流程变革风险
采购流程变革风险，过去采购流程层层拨款，舞弊空间大，而新的流程则交给采购平台进行统一预算控制和集中采购，减少了很多中间环节，但是采购流程的变革所牵涉的层级多、范围广，变革阻力大，同时，新旧流程的衔接风险也比较高。报销流程变革风险，过去虚假报账风气流行，但是在线上进行报账也无法完全避免虚假报账风险；资金管理流程风险，任务交办、督察、考核、评比从纸上转移到了网上，为审计和纪委提供无距离监管平台，有效提高监管质量。但同时会衍生出一些新的线上资金监管问题，如代理监管。
（3）信息安全风险
财务共享中心信息数据高度集中，信息量大，牵涉范围广，相关的利益群体也多，如第三方软件支持者、ERP系统的供应商、扶贫资料库以及政府人员信息库等等，因此其信息安全风险偏高，需要政府特别加以注意和警惕，以防数据被泄露、盗取和篡改。信息泄露、被盗取风险，政府相关工作人员将有用的政府信息卖给相关供应商牟取蝇头小利或者黑客闯入系统，获取国家重要文件和数据。数据丢失风险，可能是人为因素，如手动删除某些重要数据以防被查，也可能是客观因素，毫无征兆的洪水、地震导致设备受损、数据丢失。