1.明抄《说郛》本
《说郛》为元末明初陶宗仪所著。明《说郛》抄本不少，国家图书馆主要藏有三种：其一，钮氏世学楼抄本，半叶十行，行二十四字，白口，四周单边。凡一百卷，今存九十七卷，卷首有元杨维祯《说序》，有全书总目录。其二，明末抄本，半叶十行，行十七字，左右双边，上下单边。凡一百卷，存六十一卷，分别为第二、四至六、九至二十一、二十三至三十二、三十五至六十一、六十四至七十卷。卷首有杨维祯《说序》及总目录。其三，明末抄本，半叶十行，行二十二字，白口，四周单边。凡一百卷，存九十一卷，分别是卷一至二、五至二十、二十三至八十五、九十一至一百卷。前无序，无总目录。明抄《说郛》本，卷四十七有《公孙龙子》一卷，全文抄录，无注。
现行《说郛》本为张宗祥重新校订，1927年商务印书馆排印，但据张宗祥记称，此本“集明抄本六种”，即京师图书馆残卷、江安傅沅叔藏本、涵芬楼藏本，其中傅沅叔藏本系汇“洪武间抄本”、“弘农杨氏抄本”、“丛书堂抄本”三种而成。“洪武间抄本”早于《道藏》本。“弘农杨氏抄本”中的“杨氏”据杨俊光考证“当为杨士奇，其年代亦在《道藏》以前”。因此，现行《说郛》本明显早于《道藏》。
《说郛》本与《道藏》本属于不同系统，异文数多达64处，主要分以下几类：第一，通用字，如“迹府”的“迹”作“疏”，“辩”作“辨”，“於”作“于”，“爾”作“尔”，“唯”作“惟”，“谬”作“缪”，“知”作“智”。第二，文字省略，如“独不取先生之以白马为非马耳”，作“独不取先生之言耳”；“龙之所以为名者”，无“者”字。第三，个别字改动，不影响文意，如“穿请为弟子”，“穿”上有“则”字；“以齐国无士”的“以”字作“而”；“所愿而不可得也”句中无“可”字；“是以黄马为非马”第二“马”字下有“也”；“若左右犹是举”之“右”下有“之”字。第四，个别字改动后与《道藏》本意相反，如“所愿而不可得也”，无“可”字；“臣窃观下吏之理齐”的“观下吏”作“闻王”。
《说郛》是一本十分重要的本子，钱基博言“《绎史》所引……以视《道藏》本，字句有剧胜处。”（《名家五种校读记·公孙龙子校读记·后序》）陈柱也指出：辛从益注本“文字亦……有胜于诸本者”。笔者经过对所见版本进行全面校对，发现全书大约有6处义胜之处被后世版本继承，分别是：《白马论》“是离者有白马不可谓有马也”的“是离”作“不离”。《坚白论》中“视不得其所坚，而得其所白者，无坚也。”“所坚”下有“者”字；“见于不见与不见离”下“与”作“离”；“而在于石有见焉”的“有见”作“有不见”。《名实论》“故彼故彼止于彼”作“故彼彼止于彼”。以上五处多被《杨升庵先生评注五子全书》《十二子》《子汇》《合刻五家言《诸子汇函》《诸子奇赏》《绎史》《豫章丛书》《廿二子全书》《墨海金壶》、《守山阁丛书》、《子书百家》《诸子平议补录》陈沣《公孙龙子注》本等继承。《通变论》“而羊牛之非羊也，之非牛也”作“而牛之非羊也，羊之非牛也”也被《二十二家子书》《豫章丛书》《子书百家》继承。正如杨俊光所言《道藏》本“《说中的多数版本，就是根据《说郛》校正过的。因此《说郛》是一种值得重视的版本。”
2.其它版本系统
此外，在明代还流传有明梁杰本、杨一清本，今已难寻其迹。《书目答问·子部》载：“《公孙龙子》三卷。（守山阁本，金壶本，明梁杰订本。）”王琯言明有“梁杰本”，清孙诒让《札迻》以明梁杰本、钱熙祚刊本、俞樾本互为参校。可见清末梁杰本尚存，《周秦汉魏诸子知见书目》《中国古籍总目》等未录，盖今已佚。王琯载明有“杨一清本”，严灵峰《周秦汉魏诸子知见书目》和《中国古籍总目》等未录，盖今已佚。《明文海》卷二一七有杨一清《五子书序》，可知杨氏刊过《五子书》，含《鬻子》《鹖冠子》《子华子》《尹文子》《公孙龙子》五家。其言《公孙龙子》及诸子言：“《公孙龙子》三卷，凡六篇……公孙龙之辩甚矣！而白马非白之喻、坚白同异之说，终不可解，欲正名实而名实卒不可正。战国处士其横议每类是耶！呜呼！大道既隐，异端曲学起而乘之，言人人殊。汉艺文志所载实一百八十九家，昔之君子尝欲裒而殱之矣！予谓洙泗之流，既微濂洛之源、未启邪说，害人烈于猛火，尚忍从而膏之。自五纬聚奎，诸儒阐道，士稍通章句，即知尊孔孟而黜百家，虽诸子并生于世，适足为指麾驱使之资耳。况眇焉如线之言，顾足为吾病乎？且至理无所不寓，刍荛有所当察，权度在我，则寸长片善皆可取，不可弃此，侍御公之志而予为述之者也。”