（一）流动性不足
永续债指明投资人不能要求偿还本金，只能按期利息收入，所以解决流动性问题将是顺利发行永续债的重要保证。一方面中国人民银行虽创设央行票据互换工具（CBS）提高永续债的流动性，但农合机构不满足主体要求，无法进行CBS操作，发行永续债就会面临流动性不足的问题。另一方面永续债的流通主要依靠评级与发行机构声誉支撑，但经济下行导致央行对农合机构评级下降，债券流通受阻，一定程度上也会影响永续债的流动性。
（二）费率厘定困难
永续债的发行需合理定价。利率偏高，会使银行后期付息面临极大地压力，一级资本补充效果不明显；利率偏低，则会受大型银行债券和保本固收企业债等的冲击，潜在购买者减少，无法顺利发行。而农合机构缺乏科学的费率厘定方法与相关专业人员，如何确定合理的费率，是农合机构发行永续债的又一难题。
（三）投资主体匮乏
市场潜在投资者的多少，直接影响到农合机构能否顺利发行永续债。虽然银保监会为解决投资者不足的问题，放开了对保险机构投资永续债的限制，但是对国际上的主要投资者，包括基金公司、养老金管理公司、资产管理公司等机构的限制还未完全放开，一定程度上阻碍了更多的金融机构发行永续债，而农合机构在发行永续债的过程中不可避免也会遇到这一问题。
（四）专业人员紧缺
永续债的发行需要专业的管理团队，其科研水平应达到基本要求，同时财务信息处理等各方面也都需要专业的人员。而目前农合机构从业人员素质参差不齐，高素质人才紧缺，给永续债的顺利发行和正常流通带来极大地挑战。