（一）海峡两岸经贸合作的内部因素
1.海峡两岸经贸合作的制度基础。海峡两岸合作多年，虽然面临这种种困难，但仍有经济制度建设上的成就。例如两岸签署的《海峡两岸经济框架协议》是双方首次签署的经济框架协议，对于两岸经济制度的建设和两岸经济融合都是具有里程碑意义，2020年议即将到期，若未能续签，这对于两岸经济制度的建设是沉重的打击；“大三通”的开通，实现了两岸间的“直接贸易”，大大便利了双方的货物贸易等等。有部分协议经济效果不佳或因各种原因无法实施，如“两岸租税协议”、《海峡两岸服务贸易协议》等。两岸所签订的这些协议最终发挥的经济效应不同，但整体来说对两岸的经贸合作都是具有保护和促进作用的，完善了不同经济部门的制度框架，成为两岸经济制度的基石。
2.海峡两岸经贸合作的政治基础。政治关系是两岸合作中的一个核心影响因素，大陆为维持两岸关系的稳定更多的是考虑台湾方面的需求，呈现出大陆单向性让利的形式。相反，在2016年蔡英文上台后，台当局对两岸合作呈现消极状态。海峡两岸经贸合作的政治基础体现在大陆对两岸的经贸合作是处于积极状态的，颁布了各项单向性的惠台政策，对于台湾来说都是独有的优势。
（二）海峡两岸经贸合作的外部条件
1.美国因素。大陆和美国贸易摩擦不断，导致双方的贸易受到严重影响。在2018年，大陆与美国的出口企业中台湾企业36家、大陆企业30家。中美间的贸易摩擦势必会对台资企业的对外出口产生影响，这将导致台湾对大陆的投资变得更加的谨慎。另一方面，美国的贸易保护行为将会影响到全球的价值链。美国负责研发和销售，是处在全球价值链的两端。美国将中间产业链转移回美国的做法，将导致全球价值链被破坏。台湾作为岛屿型经济体，主要依赖于对外贸易，在大陆投资的产业链众多，若全球的价值链被破坏，将导致两岸间的合作也受到极大影响。
2.亚洲因素。亚洲地区的区域经济一体化的合作繁杂，意大利面碗效应明显。2020年全球已有协议的301个区域贸易协议，在东亚地区签订的自贸协定达到90个。各个协议的范围和标准大不相同，导致区域经济合作反而被碎片化。另一方面亚太地区也是大国们经济博弈的场所，如美方在亚太地区推行“印太策略”并吸引了日本等经济强国的加入等，影响了东亚地区的经济市场的稳定性，使得各国间的合作也充满不确定。贸易制度的松散性、混乱性会对两岸间的合作带来更多的不确定性，使得两岸的经贸合作面临着更多的挑战。