（一）农地集体所有权的权利行使主体：向上提升为国有还是向下落实到集体
农地是农村最重要的生产资料。农地制度是农村经济体制也是农村基本经营制度的基础，农地集体所有权又是农地制度的基础。社会主义公有制的制度特征主要承载于农地集体所有权。这正如习近平总书记 2013 年 12月 23 日在中央农村工作会议上的讲话中所指出的那样，“坚持农村土地农民集体所有。这是坚持农村基本经营制度的‘魂’。农村土地属于农民集体所有，这是农村最大的制度”。深化农村经济体制改革的大部分理论认识，聚焦于农地集体所有权这一具体领域。社会主义公有制经济体制在农村的最直接体现，就是农地的集体所有制。这一概念是人民公社解体之后才正式出现，并且从《宪法》“劳动群众集体所有制”衍生而来。从对象或客体看，国家所有与集体所有是不同的。国家所有的对象客体固然包括机器、土地等生产资料，但更多是从经营主体所有制性质角度去理解的。在农村，集体所有的客体主要是土地这种生产资料。与城市比较，集体经济与集体土地之间关系，要松散许多。就所有权来说，城市土地是属于国家而非属于地方政府的。除了少数情形之外（比如国防用地），地方政府特别是市县政府拥有国有土地的使用权、收益权乃至于部分处置权。国家通过保留一定的审批权、规划权和用途管制等措施，对国土进行监管，以实现特定的政策目标。
然而，在讨论农地集体所有权的实现形式等现实问题时，人们却有着不同的理解。在通常的情况下，人们（大多数学者和政府职能部门）是从西方经济学的“产权”角度而不是马克思主义的所有制关系角度去理解“集体所有权”的。就像他们潜意识地将农村经济视为“集体经济”的代名词一样，他们也习惯性将“农地集体所有权”视为“集体”应该拥有农地的占有、使用、收益甚至是处置权。由于大多地区的农业用地、宅基地和集体经营性建设用地之间并没有严格的界定，因而集体在相当程度上也通过农地征地等渠道而间接被赋予了农业农地和宅基地的占有、使用、收益乃至于部分处置权。
这种理论思维和政策实践的影响是深远的，甚至主导了农地制度的改革方向。不少的学者习惯性把农户产权功能的强化和集体对农地控制力度的减弱，描述为集体产权的权能“虚化”，习惯性地把人民公社等传统“集体经济组织”的解体和村委会政经分开，视为集体产权的主体“虚置”。在这种思潮影响下，我国最近几年来大规模推进了“农村集体经济组织”的登记注册，使之成为集体土地的所有者和法人代表。为强化集体产权特别是集体经营性建设用地的产权功能，针对地方政府垄断集体土地一级市场以及衍生的集体产权保护力度较弱等诟病，按照同权同价的原则，我国也从2015年开始推进了农村集体经营性建设用地“统一入市”的试点改革。“试点改革”的重要内容是，大幅度提高了“集体”对于经营性建设用地的使用权、收益权和处置权。此外，针对集体农地的使用与管理等，一些地方还复制出一整套与国有土地并列的包括（抵押）登记、交易、入市主体认定、转让、资产处置、作价出资（入股）、评估、收益分配等在内的一系列政策体系。
上述改革的力度是很大的。它对于减少长期以来的违规征地和过度征地等棘手问题，也应该能够预期发挥一定的作用。不过，对于其理念与思路，有人可能持不同看法。他们认为，“统一入市”改革依然保留了“城市/农村”二元结构的深深痕迹。因为，集体所有与国家所有之间并不是并列关系，而是从属关系；提高农地集体所有权产权强度的方式，是创造条件，使有关国有土地方面的制度与政策体系逐渐适用于集体农地；而不是另起炉灶在农村地区进行制度与政策的系统性建构。其理论依据是，应该按照所有制关系而不是西方式的产权，应该从实事求是而不是形而上学的理解集体所有权。历史上，农地原本属于农民的。计划经济时期，集体（人民公社）其实只是国家的代理者而已；人民公社实际的权利在于组织、管理和监督农业生产而非对于土地的所有权。改革开放以来，农地的主要权利更是逐渐向农户归集。故而，如果形而上学的理解农地所有权并由此而将其赋予给“集体”或“集体经济组织”的话，那么这不但缺乏足够的事实依据，而且也可能也难以实现改革的预期目标。他们主要担忧的是：与有着统一、规范且基于制度信任之理论体系的国有土地比较，“集体土地”的事实产权力度要低许多；因而改革的结果将可能是（且不论巨大的制度成本及其分担问题），在县（区）、乡镇乃至于行政村的层面上，每一块“集体土地”将对应于一个区域异质性的制度体系和碎片化市场。这显然不利于提高集体土地的使用与配置效率。因此，改革的实践效果可能是使“集体产权”弱于“国有产权”的情况得到固化。如果考虑到治理机制不完善和“集体”有限的能力和资源禀赋，那么“集体土地”保值增值和发展集体经济等预期的改革目标，也可能难以完美的实现。相应，这部分学者可能主张，从长期看（暂不论具体方式），农地集体所有权的主体改革，与其向下“落实”到“集体”，还不如向上提升为国有。