之所以有不同观点，主要产生于如何理解“集体”、“集体经济”和“集体经济组织”等术语。除利益驱动等因素之外，不少的学者基于先验观念和字面意思去理解相关概念，从历史或局部的实践而非动态或全局的角度去看待这些问题。故而，它们很容易将“农村”视为与“城市”并列的空间，将“集体经济”视为与“国有经济”并列的实体，将“农村集体经济组织”视为与“国有企业”并列的主体，将“村委会”视为与“地方政府或职能部门（如国资委）”并列的部门。究其根本，是有些学者将“集体”与社会主义公有制的意识形态联系在一起。按照他们的理论，农村经济体制改革的思路是要在农村地区复制出一套类似于城市的经济成分、经济主体及其相应监督与管理体制。
与此不同的是，另外一些学者则主张从现实出发，将马克思主义的普遍原理与中国的具体国情联系起来；主张从精神实质而非字面意思去理解相关法律法规与政策文本对“集体”的规定。这些人认为，城乡“二元”结构是特定条件下的局部性历史现象，故而不能揭示社会主义发展规律的全貌。在乡村振兴背景下，城乡一体化应该是农村经济体制改革的基本理念。相应，新中国成立70多年来所形成的中国特色社会主义市场经济理论和体系，不但适用于城市/国有经济/国有企业/国有资本（企业）管理体制，而且也同样也适用于农村地区。“集体”、“集体经济”和“集体经济组织”在农村地区不是一个一般性和普遍性问题，而是要嵌入总体结构中的特殊性要件。比如，马克思等经典作家之所以提出“农业合作社”，并不是出于某种价值观，而是希望借此提高农民的组织化程度，其目的是通过增强农民在产品和要素市场的谈判力量，去提高产品售价、增加要素收入等现实的目的（功用）。如果有其他组织能够发挥类似功能的话，经典作家不会摈斥的。同样，国家对“集体”、“集体经济”和“集体经济组织”的强调，也不仅仅是处于意识形态的需要，而是借此表达对“三农”的重视；希望通过政府“有形之手”，对弱势的农民和农村、正外部性的农业，制定差异性和功能导向的扶持政策支持。比如，为了支持农业，不必将经营主体限定于某些特定组织，而是通过农业补贴等功能性政策，也可以实现外部性的内部化。