（一）突出财经类高校特色与优势
作为管理学门类中的重要一级学科，目前国内有多家高校均开设了管理科学与工程的硕士点与博士点。学科点建设过程中如何整合本校学科优势，突出贸大管理科学与工程学科的特色，是需要重点解决的问题。作为财经类高校，我校具有较为雄厚的经济学教学基础和资源，在专业的设置和相关课程的细分上更加细致，也在一定程度上导致了很多研究方向相同的师资力量被分散在不同的学院。在学科建设的过程中，如何凸显财经类高校的特色和优势，高效整合相关资源，走经济学与计算机科学交叉融合的差异化发展路线，是我校管理科学与工程学科建设的主要方向。
（二）教师教学投入仍显不足
管理科学与工程专业教师教学投入整体不足，主要表现在：教师对教学设计、方法创新以及开展教学研究的精力投入不足，教师参与教学研究的积极性不高，每年申报学校教改立项的研究项目数量相对少，导致专业教学研究论文总量偏少。
（三）课程建设与教材建设有待深化
管理科学与工程专业课程建设与教材建设有待深化，主要表现在：一是部分课程改革建设进展缓慢，存在讲授内容陈旧、部分课程之间的内容重复等现象；二是高水平教材偏少。教师编写高水平教材热情度低，课程教材内容更新迟缓，教学参考书、电子资源库等拓展资源不足。
（四）人才培养体系有待进一步优化
作为交叉学科，管理科学与工程的相关课程设计需要兼顾经济学、管理学和信息科学，结合本学院教师的专业背景，是否需要将部分建模课程设置为基础课程，及是否需要进行入学考察仍需进一步探讨。同时两学年学制的专业如何兼顾好学生的学术研究与实习实践仍需要进一步探讨，当前的学术论文发表环节能够进行调整优化是尚需明确的问题。