（一）评价主体单一
现阶段，我国校企协同育人质量评价主体基本都是学校，而同样有重要发言权的企业参与度低，“校热企冷”的现象比较普遍。由于缺乏企业人员的参与，评价指标的设计和评价过程没有考虑企业的诉求和利益，评价结果容易受到单一评价主体主观意愿的影响，育人质量的优劣由学校说了算，难以客观、全面地反映校企协同育人中的问题，存在一定的局限性。
（二）评价指标不合理
科学规范的校企协同育人质量评价指标是构建评价体系的基础。校企协同育人质量评价应该突出实用性型，但是就目前而言，大多数高校的评价指标往往是普通本科院校通用的。同时评价指标弱化了专业之间的差异性，也就很难针对职业胜任能力要求制定出符合企业岗位需要的评价体系。除此之外，高校在设计指标时往往带有一定的主观性，故所设计的评价体系不利于培养适应社会需求的创新性应用型人才，难以实现预期效果。
（三）规章制度不健全
近年来，我国陆续颁布了一些关于校企协同育人的规划和决定。其中，《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010-2020 年）》、《国务院关于加快发展现代职业教育的决定》等文件明确指出，在开展校企协同育人的同时要改进评价机制。但是关于质量评价的规章制度并不健全，缺乏相应的执行细则，导致校企协同育人质量评价的可操作性较差且处于松散的状态。而且评价的结果也没有与相关政府部门对高校和企业的激励和惩罚举措挂钩，高校和企业应有的权利和利益无法保障，应尽的职责和义务也形同虚设，导致校企双方并不重视校企协同育人的质量评价结果，缺乏参与评价的积极性和主动性。