目前，针对现有科研体制存在的问题，认真解决问题，并将科研创新和人才培养两大主题有效结合，发挥科研创新对人才培养的积极作用已经成为摆在高校面前的重要命题。但是，在科研创新机制改革以适应人才培养需求问题上，高校的科研机制与人才培养依然存在诸多制约。
第一，在科研机制改革调适阶段，科研保障机制不完善的现象依然突出，表现为组织激励与引导不力。高校对科研人员的投入不足，给科研人员提供薪酬、福利、科研条件等基本保障的能力下降，直接削弱了科研人员对学校的依赖感和归属感，科研人员工作积极性不高，必然反过来影响了人才培养的质量。
第二，强化科研的项目化，教师的科研兴趣和方向受到抑制。尽管科研项目采取负责人制，赋予科研人员的自主性，能够推动科研人员出较多的成果，但项目制却难以产出高质量成果，也无法培养学术精深的大师。其原因在于，项目制使科研变成了短期性和利益驱动的任务，成果在项目结题后的研究和开发缺乏必要的动力和保障机制，这一制度没有理解真正驱动科技创新的源动力是科技人员自身不可遏制的求知欲和兴趣，而非人为的制度设计，这就使得科研人员为了职称而做科研，其成果转化很困难，实际上是助长了“为科研而科研”风气，使得科研演变为功利化的产物，这样的情况对于人才的培养是非常不利的。
第三，学术官僚化依然难以得到修正，高校学术研究的官僚主义体系倾向一直以来都很突出，高校科研的价值导向已经被严重扭曲。高校科研人员应该是依靠扎实的专业基础和对科学、社会的实质性贡献而赢得尊重，而不是靠头衔、称号和职位。但就目前来看，高校在营造“尊重知识、尊重人才”的氛围和环境上似乎缺乏有效的措施和机制，被迫借助外在头衔等来提升科研人员的社会地位，这只会在学生培养过程影响学生形成正确的创新观，造成学而不正，内涵缺乏的结果。
第四，依然未建构以培育学生为本的科研机制。教师在研究过程中注重的是科研成果的实现，一切以实现既定成果为标准，忽略了对学生创新精神的培养，这表现为：一是为了节省时间写科研论文，教师的课堂教学更多是机械地按照大纲要求完成教学任务，二是即便让学生参与自己的科研任务，也仅仅是安排学生做一些基础科研事务，不注意引导学生参与科研的实际工作，不注重培养学生的自主科研意识，必然造成学生在参与科研过程当中缺乏动力，使学生的科研思维钝化，把科研当成一种机械的日常事务。因此，完善大学生科研创新能力培养机制，需要在科研管理体制上、科研创新体制上做全面的推动，使高校学生能够切实参与科研创新活动，推动人才培养质量的提升。