早期结构语言学的缺失同样出现在列维·斯特劳斯的神话研究中。雅各布逊分析“区别性特征”时的刻板二元形式（反映在列维·斯特劳斯的神话研究中），已经受到了许多结构语言学家的抵制。现代结构语言学家已经认识到，人类发出语言和接受语言的机制比雅各布逊的机制更为复杂。20世纪50年代乔姆斯基提出生成语法，认为人脑中存在先天的模块或结构，人生来具有语言习得机制(Language Acquisition Device)， 语言研究的最终目的是通过自然科学的研究方法揭示人脑的思维机制。从此，语言研究的重点从外在的语言行为转到内在的语言能力。我国结构语言学者石毓智在解释这种生物机制的本质和它与语言能力的关系时提出“语言能力合成说”，认为人类认知是层级系统，“语言能力不是一个独立模块，也不是处于认知系统最基层的，它是由更基本的认知能力协同合作的结果。”语言能力依赖天生的认知能力（符号表征能力，对数的认识能力，分类概括能力等），在语言的结构和功能及非语言的技能和知识之间有密切的关系。生成结构语言学和认知结构语言学更加关心的是人类取得语言模式的生成规律，而不是“元音三角”和“辅音三角”中的语音本身。雅各布逊的区别性特征，无法揭示获得语言模式的机制。同样的，列维·斯特劳斯通过神话的结构研究，虽然揭示了一部分无意识思维过程的表现，但却无法揭示人类思维的真正机制。
此外，雅各布认为，“有一些简单的关系是所有语言都具有的。”，列维·斯特劳斯也从特殊族群中的神话中探寻的无意识的思维结构，作为全人类的共通的思维规律。将个别的神话看作神话系统的单位语符列的。那么，索绪尔意义上的“口头语言”——单个神话的特殊性和地方性有在何处表现？它如何反映当地的文化？但列维·斯特劳斯不关心特定社会的集体意识，他追索的是人类思维的普遍结构，不仅适用于太平洋岛岸的土著，也适合于所有语言的表达者。但语言不能离开社会事实而存在，它是符号现象，它的社会性质是它的内在的特性之一。神话同语言一样，在一定程度上是社会性的，是所有讲这种神话的人的集体意识的一部分。
列维·斯特劳斯以结构语言学对待音位的方式，将神话素从语境中抽离出来，无法对神话进行贴合语境和文化情境的结构分析。列维斯特劳斯将神话看做语言的一部分，而神话素是根据音素作为参照物，从神话的叙事中核心的要素中提炼出来的。这似乎表明，即使没有对产生神话的文明的深入了解，也可以解读一个神话，除了神话自身提供的上下文外，它不需要在任何其他背景下进行。正因如此，在俄狄浦斯王的神话研究中，列维·斯特劳斯根据主题的相似性而分离神话素的过程， 以及在神话矩阵中对神话素进行分类的过程也同样武断。