安徽省徽州地区号称“文献之邦”，徽州地区历史上曾留下了大量的文献资料。其中最多的是文集、家谱、契约文书、家乘、方志、笔记等，如《新安文献志》、《寄园寄所寄》、《太函集》、《新安名族志》、《休宁名族志》、《新安学系录》等这类具有总结性、集成性、志方性的文献，并不多见。因此，即使在“文献之邦”的国度里，《新安学系录》仍是一部令人瞩目睥著述，对今人研究、了解徽州文化乃至中国学术思想史，均有重要参考价值和学术价值。
其一，据初步统计，《新安学系录》全书引用的各种文献达百种以上，包括明实录、正史、文集、府志、郡志、县志、墓志铭、家乘、族谱等。其中如《四书章图》、《双湖文集》、《云峰文集》、《弘斋五稿》、《读书漫录》、《观易堂随笔》、《雪楼文集》、《吴儆文集》、《竹坡集》等著述，在世上已颇为难寻，甚至不传。因此，《新安学系录》中保存的第一手史料内容，弥足珍贵，对研究徽州文化和徽州学术都具有重要参考价值。
其二，《新安学系录》收录了从宋至明代101位徽州学者，基本上囊括了南宋至明中期徽州地方涌现的“精英”人物。有关每个人物的内容，分二部分：一是传记，其传记前人已撰者，一般是择优采纳；而前人未撰者，程曈则在广收材料基础上亲自撰写补充，如程洵（克宽）传、滕珙（蒙斋）传等即是。二是遗事，收录他人记载传主的文字片段及评价，以便人们深入、全面了解传主。并进一步研究徽州历史和文化，提供了广泛而详实的资料。
其三，《新安学系录》对所引资料，程曈均一一注明出处，方便了人们在阅读和引用中进一步核实和查找。在每个人物资料的篇前、篇中或篇末，程曈时常加有“按语”。按语的广泛存在，是《新安学系录》的重要特色之一。按语的内容，一是介绍有关篇目收录的原因，比如第六卷在王炎（双溪）传后，收录了《见南轩先生书》、《与晦庵先生论谅暗中开讲书》等二信。程曈在篇末按称：“《双溪本传》不载其问学所从来，故附此二书，以见其师友渊源之实也。”另按：“篁墩程氏曰：‘世传双溪与朱文公不合，未见所出。’考《双溪集》，有《与文公论谅闇开讲》事，《文公集》无答书，岂即谓此邪？”说明了收录此二信的原因。二是注释、考证所收篇目中的有关内容，提出自己的看法。比如第七卷《滕蒙斋传》中，每一句之下，均有按语，以注释该句的来源、考证篇中的内容。三是说明有关篇目所由来，比如南宋著名新安理学家程洵（克宽）传，他书中俱不详，系程曈在编撰《新安学系录》时亲撰，故有按语说明：“郡邑新旧图经，于先生皆有传，但不足以尽先生之德美，而世德亦误。曈不佞，幸与先生同出梁将军忠壮公后，早获读其遗书而窃病之，因掇拾大概，为传如右，以俟尚贤君子表章焉。”