从教学目的上来说，本科生和研究生侧重方向有所不同。本科生阶段侧重于掌握基本的专业知识理论与技能，具有初步的实践能力和创新意识即可；而研究生阶段作为人才进一步深造的时期，其要求自然要以本科阶段为基础，并且高于本科的要求。不仅要求专业理论知识掌握扎实深厚，也要具备独立的实践和创新能力。由此可以看出，研究生阶段的人才培养要以本科阶段为基础，是本科阶段人才培养的进一步深化和升华。因此，要提高教育质量，培养更多全面而优秀的人才，就需要把不同阶段的人才培养进行有效衔接。此种创新模式目前从实践角度来说存在一些问题。
1.教学内容衔接不合理
一般来说，同一学科在本科阶段和研究生阶段都会开设相应的课程，为顾及学生之间能力水平的差异，部分课程的教学内容尤其是基础内容，在本科阶段学习过后，研究生阶段仍会出现，这样交叉重复的内容，虽然有利于照顾基础薄弱的学生，并且给予其他学生以巩固基础的机会，但无疑会占据掉老师和学生的精力和时间，留出给其他课程及自主学习的时间就会相应减少。以南京审计大学研究生培养方案为例，南审目前会计学专业的本科生与研究生教学内容设置就存在此种问题：本科阶段计量经济学、财务管理等课程为会计学专业的学科专业课，而在研究生阶段这些科目又在必修核心课当中再次出现，这必然会导致一些较为基础的内容授课重复。事实上，这部分基础内容完全可以由研究生进行课下自主安排学习，毕竟研究生已具备一定的主动学习能力与研究能力。因此，这种内容重复部分的教学不利于研究生能力的培养，也不适于人才培养的要求。
2. 教学方式衔接不合理
不同层次能力水平要求不同，这就意味着针对不同阶段学生的教学培养方式也应当不同。本科生阶段学生能力水平要求不高，只需在老师的引导和教学下，认真听课完成任务便可，即这个阶段学生学习主要通过老师的课堂讲解吸收知识与课后的作业布置巩固知识，老师主动传授，学生被动吸收，真正需要学生动脑进行创新思维思考以及实践动手的部分并未占据本科阶段多少分量。因此这一阶段，师生间交流不充分，学生的自主学习积极性与热情也不高，更不用说创新能力的培养。而进入研究生阶段，教学方式就转变为了“研究型教学为主”，老师不再是课堂上的“主人”，学生则拥有一定主导权，主动进行学术研究，创新项目实践。这种方式使得师生能够进行有效的互动交流，也能够很大程度上激发学生学习积极性，增强实践和创新能力。
正是由于本科阶段和研究生阶段教学方式的巨大差异，使得学生在转变过程中易出现“断层”现象——不能够很快适应模式的转变以及学习主导权的转移，被动听课完成作业，缺乏主动探索研究的精神，文献资料的查找阅读也是听从老师安排而不是自行拓展研究，这就很可能导致其科研能力达不到应有要求。