一）农户信托当事人身份淡化
土地信托法律关系的当事人包括委托人、受托人、受益人。委托人是信托的发起者，是为了一定目的将自己一定财产委托给他人管理的信托当事人。受益人是信托法律关系中对信托财产享有财产性权利的人，也是委托人在设立信托时意图给予利益之人。受益人并不需要通过承诺或者为一定的法律行为来取得受益权，受益人的取舍由信托目的决定。
对我国土地流转信托市场进行分析，鲜少有土地信托项目的委托人直接由农户来担任，绝大部分的土地信托委托人由村委会、村集体经济合作社、土地合作社、人民政府等主体来担任。同时，农户也并非是信托唯一受益人，现有土地经营权信托受益人包括三种情况：第一，农户是土地经营权信托唯一受益人；第二，受益人不局限于农户，还包括其它主体；第三，由其它主体担任承包地经营权信托的受益人，再由其将收益转交给农户。
作为中高端财产管理工具，我国民众对信托的知识了解不多，教育程度相对较低的农户对信托的了解更是知之甚少，他们更多的是关心“地租”收益的多少以及收益能否准时到帐，而客观上，农户人数众多，土地分散，单一农户作为委托主体的操作难度较大。农户在土地经营权信托法律关系中当事人身份淡化，不是土地经营权信托的直接委托人，也并非直接受益人，缺乏设立土地经营权信托的积极主动性，一定程度上影响了土地信托市场的发展。
（二）认为商业信托公司将是唯一适格受托人的局限
在信托关系中，信托受托人处于控制、管理、处分信托财产的中心位置，信托目的的实现有赖于信托受托人信义义务的履行，信托受托人的选任是保障信托运行的关键环节。当前，我国实践中农村土地流转信托的受托人有两种类型：一种是由地方政府专门为流转农村土地而设立的农村土地信托机构担任受托人，另一种则是由商业信托公司担任受托人。尽管，政府试水土地信托的时间早于商业信托公司，但近年来，在土地经营权信托领域，政府已经自觉让位于商业信托公司。
有研究认为“由于信托必须基于信用体系，中国个人信用体系尚未建立，且个人难以承担巨额土地流转信托投资，在现阶段，土地流转信托产品受托人只能是专业信托投资公司”，此处“专业信托投资公司”指的是受《信托公司管理办法》调整的信托公司。长期以来，认为“专业信托公司将是未来承包地经营权信托唯一适格主体”的观点在学界占据主导地位。根据我国《信托公司管理办法》的规定，目前，我国拥有信托牌照的信托公司只有68家，其中，涉足土地信托市场的信托公司只有寥寥几家，而我国有着庞大的土地经营权流转市场的需求，若将土地经营权信托受托人的范围局限于商业信托公司，客观上将土地经营权信托限制于营业信托的范畴，限制了土地经营权信托设立的空间。
（三）缺乏合理的收益分配及风险分担机制
目前，对我国土地经营权信托有效运作的最大质疑就是，土地信托的参与各方如何赚钱，即土地信托的收益问题。土地信托收益的利益主体主要包括：委托人、受托人、受益人、新型农业经营主体。在政府主导型土地信托模式中，重点考虑的是农户的收益，忽视受托人和提供服务的政府部门利益，政府主导型土地信托模式的受托人由政府为承包地经营权信托而专门设立，并非市场行为，偶尔为之，尚可维持。但若是让以营利为目的商业信托公司或是其它受托人放弃自身利益，显然并不可行。
同其它信托类型一样，土地经营权信托也是存在风险的，土地信托遭遇风险，有可能会产生损失。那么损失由谁来承担？若是让享有承包地经营权的农户分担损失则会触动社会舆论敏感的神经，若一味让信托受托人或是农业经营主体承担风险，也不符合信托的基本原理。因此，尚无定论的收益分配及风险承担模式，一定程度上影响了商业信托公司开展土地经营权信托的热情。