（一）审计对象范围扩大与现场审计范围缩小的矛盾
由于财政资金的审批、划拨要经过多层组织，防疫财政专项资金不仅局限于医疗机构相关基础设施和设备的购置，还包括扶贫脱困政策、税费减免财政贴息政策、贷款优惠政策等，涉及财政、金融、工信、卫生、红十字会等多部门，社会捐赠款物也来自全国各地乃至全世界，随后再分配至各个定点医疗机构，这些资金物资的来向、去向、医疗防护物品规格价值的核实以及有直接关系的部门都可能被纳入审计范围之中，无疑增加了审计机关的工作量和协调沟通工作；然而疫情期间，病毒传染性极强，各地政府启动一级响应，交通和企业的停工停产对审计人员的现场审计造成一定的阻碍，使现场审计的范围大大缩减；与审计范围相比，审计人员稍显不足，捐赠物资所经过的不同区域的审计机关的工作模式也各有特点，这些都加大了审计风险。
（二）社会捐赠款物的收发记录及流向难以核实
首先，受疫情的传染性影响，人员和物流的流动受到限制，生产工作被迫停滞，慈善组织未能及时获得通过线下签字盖章的采购合同等证明，另外对于网络捐赠，由于受众面广，而且网络捐赠行为不具备书面协议，慈善组织也无法及时对每一位捐赠者开具捐赠票据；其次，受疫情的紧迫性影响，很多捐赠入库的物资可能没有及时记账就被分配出去用于一线救助工作，进而使出库分发的款物成为账外物资，它们的流向也成为无源之水，此外，收发的物资的进库单、出库单、运输单等凭证可能因人员短缺、管理混乱不完整、有遗漏，无法核实相关捐赠物资的具体信息和去向；最后，疫情期间，相关防疫用品的物价受市场供需影响价格上涨，相同产品与日常的价格波动较大，审计人员在对物资公允价值的界定也有一定分歧。
（三）审计人员缺少突发卫生事件审计的经验
本次疫情防控审计既不同于非典时期的审计，也区别于抗震救灾、震后重建审计。相比SARS病毒，此次疫情病源更复杂，发病机制更难琢磨，传播速度和致死率更快更高；抗震救灾和震后重建的审计工作，除了震区的经济、生产和生活受到重创影响，总体来看社会生产仍正常运行，审计人员的现场审计工作可以正常开展，加上地震持续时间较疫情持续短，审计工作不会过于滞后，而且地震时获得民政部门认可并公开向社会募捐的基金会数量并不多，审计覆盖范围较小。而这次疫情审计是一次影响范围更广、涉及面更大、工作开展困难的工作，《审计法》等相关法律法规也没有对突发公共卫生事件的审计风险防控体系、监督模式、证据记录、质量控制等细则做出规范要求，因此审计机关缺少相关的经验可供借鉴，需要针对疫情的特点制定出一套新的审计框架。