1 重视程度不够，统筹推进“不到位”
部分高校对管理育人的战略意义和重要作用认识不足，整体设计不够，实招硬招不多，推进力度不大，尚未形成有效机制保障。对于育人主体来说，通过“进课堂、进宿舍、进食堂”的价值化实践来“知思想、知学习、知生活”，即“三进三知”，从而实现思想政治教育的引领力。但是行政管理人员对于自己职责产生的育人作用还存在认识不到位的问题，对日常的服务工作的育人功能缺乏应有的重视。而且，高校行政机构改革，功利化倾向不可避免地渗透到服务机制中，在一定程度上弱化了行政人员的服务观念与育人功能。同时，目前高校的学工、后勤、管理、教务等各系统之间的协同运行存在或多或少的问题，管理职责交叉、关系不顺，部门之间缺乏协同运行，还不能真正实现上下联通，同向发展，管理育人工作容易出现遗漏与问题。这在一定程度造成管理分散，资源整合不到位，甚至资源浪费。
2 理解把握不准，评价反馈“有误区”
顶层设计欠缺是管理育人发展滞后的关键原因。很多高校在科学规划、整合资源方面缺乏专业人士做出科学合理的分析，理论与实际结合不够，逻辑关系清晰度不够，资源配置的科学性有待提高，从而不能形成一个系统完整、可操作性的实施方案。有的行政人员对管理育人的内涵和要求认识不透，没有正确把握好“管理”和“育人”的关系；有的分类指导、分层推进不够，存在“粗线条”“一刀切”等现象；有的推进管理育人的方法理念创新不足，缺少对新方法、新范式的探索。同时，高校管理育人的评价机制还不健全，尚未形成一个多元立体、系统完整的高效机制。评价方法传统滞后，很多科学、前沿的评价方法没有得到运用，而且有些高校不结合自身实际，照搬套用其他高校的机制，忽视对管理育人协同参与单位的评价，造成开展管理育人时缺乏相关的评价反馈，对机制相关环节难以进行有效改进与完善。
3 育人意识不强，管理服务“有短板”
个别高校职能部处的负责同志在管理育人工作中有畏难情绪，存在“不愿干、不想干、不会干”的问题，部分行政人员认为管理育人“事不关己”；还有的开展管理育人工作能力不足，有心无力，不擅长、不精通、摸不准门道，简单“表面化”“硬融入”，育人效果不佳。据教育部发布的信息，2017年全国共有普通高等学校2631所，而对高校章程有关管理育人内容抽样获知，明确提出“管理育人”的高校，仅占38.6%，由此可见，一些高校并未把“管理育人”当作必然责任。一方面，目前高校相关制度的制定年限相对较长，随着经济社会发展和大学生思想政治工作的新要求，有些制度已不能适应学生需求和发展；另一方面，高校管理育人监督机制不甚完善，缺乏责任追究制度，影响机制的长效健康可持续发展。