1.双套制与业务实践的冲突
目前，我国大部分行业单位仍然以“双套制”来应对大数据时代电子文件的挑战。在电子文件较少存在的早期看似是没有问题的，因为纸质文件依然占主导地位，电子文件处于辅助管理的阶段。如果说双套制的存在是特定背景下应对电子文件管理的权宜之计，是有其合理性，那么随着大数据的发展，工作模式、社会需求的改变，电子文件数量暴增，很多行业的业务从开始到完毕都是系统操作、线上进行，已经取消了相对应的纸质文件的生成，实际上已经发展为电子文件占主导，纸质文件为辅助的阶段，单套制的实行乃是大势所趋。如果档案部门依然要求双套制归档，势必造成业务部门与档案部门的矛盾，不管最后由哪一部门来完成电子文件纸质化的工作，都违背了实现信息化条件下提高工作效率、降低工作成本的初衷，大大增加了业务部门的负担，对于人力、物力、财力方面都是极大的浪费。而且电子文件类型多样，像是音频、视频等多媒体文件、数据库文件特别是维护电子文件“四性”的背景信息是无法进行纸质化输出的。
当然从另一个角度来讲，档案部门要求双套制的考虑也有其合理性。“档案是历史的真凭实据，它的这种可资为凭的特性构成了档案的基本价值之一——凭证价值”，这是档案不同于其他资料的最基本的特点。同样，“凭证性是电子文件的基本价值，是电子文件的根本立足点和出发点。电子文件既要充当机构开展业务的有效工具，又要充当机构依法履职的有效证据。”接收并长期保管具有凭证价值的电子文件，是档案部门的根本职责所在。然而电子文件的生成、流转、归档移交及后端的长期保管所受的影响因素太多，比如元数据，它是保证电子文件真实性和长期可读性的重要背景信息。“没有真实、完整充足的电子文件信息通过规范的程序进入档案机构、电子文件的利用就是无源之水”。综上，档案部门在这一过渡期内必将面临管理模式和业务实践的冲突，处于尴尬处境。
2电子文件管理系统与业务系统对接困难
档案部门在应对电子文件归档工作中，必然要实现档案管理系统与电子文件管理系统及各业务系统的对接，来支持“双套制”模式下电子文件的运转和管理。但是各单位用于管理电子文件的电子文件管理系统，也存在接收范围不同，功能模块各异的情况。更不用说各业务系统了，单就一个单位来讲，不同业务部门的系统使用的信息系统不同，也不会采用统一的信息技术平台，保存电子文件的格式也不尽相同。如果没有统一的电子文件的接收管理制度、科学运转流程和格式规范，系统之间的对接就无所适从，档案部门接收到电子文件载体各异，格式多样，进行数据转换、数据迁移等整理工作也很难开展，势必会影响电子文件的长期保管和利用。
3电子文件长期保管存在风险
电子文件移交并进入档案部门保管后，保证电子文件的长期可读性是档案部门的重要职责和任务。但是目前大多数档案部门在电子文件长期保管方面缺少全面科学的规划和策略。有的只是采取定期检查、备份、保存电子文件配套软硬件环境、进行格式转换等基本措施，而且各单位针对不同问题，各自解决，基本措施也不尽相同，如果电子文件长期可读性存在如此隐患，那么电子文件的利用也无从谈起，最终这也势必会成为未来信息资源整合和深度开发利用的桎梏。
以上，不管从电子文件管理模式、电子文件运转的管理系统对接或是电子文件长期保管措施等方面，都存在同一个问题和根源，即是缺少统一的接收、管理和利用制度、标准和规范。档案机构建立起标准统一的电子文件接收、管理和长期保管及服务利用规范体系，制定保障工作依法开展的法律法规，是大数据时代档案工作的应有之义。