（一）战略摇摆
对于大多数中小银行而言，金融科技创新依然是一个新领域。大部分中小银行对于发展金融科技这一问题摇摆不定。另外由于金融科技社会热度居高不下时，其关于金融科技创新的判断与选择极有可能受到“同业压力”或“社会压力”的影响，而非完全根据本行的发展实际与目标。另一方面，即使中小银行明确自身对金融科技创新的需求，其落地的相关战略也往往不够清晰，缺乏系统性和前贍性，因此常会选择“复制粘贴”竞争对手已有的创新策路，在金融创新方面呈现高度同质化这一现象容易造成银行金融科技业务的过度竞争甚至是无序竞争。
（二）科创不足
截止2018年11月1日，在A股上市的15家城市商业银行和农村商业银行平均注册资金约为57亿元，远远低于大型商业银行。这侧面反映出大多数中小银行并不具备强大的资金实力以支持自主的金融科技创新研发活动。此外，金融科技创新对专业人才的要求相对较高，计算机专业人才、复合型高素质创新人才成为银行创新的核心力量，但中小银行“招人难”、“育人难”、“留人难”三大问題始终存在。也因此，中小银行金融科技创新较少能够实现定制化、差异化、特色化的优质创新效果，新产品常处于“有”而不“优”的状况，市场竞争力不强。
（三）对话弱势
随着金融科技创业企业数量的急剧增加及资本市场对相关技术认知的逐渐深化，中小银行由于体量小、科技实力薄弱等原因，在与大型科技企业的合作中，往往处于弱势地位，无法获得性价比更优的服务。